Het Academiegebouw aan het Rapenburg is het oudste gebouw van de Universiteit Leiden. De universiteit heeft het pand sinds 1581 in bezit en gebruikt het voor plechtigheden als afstuderen, oraties en promoties. Het gebouw stamt uit 1516 en was oorspronkelijk een kerk van de Dominicanessen of Witte nonnen. In de loop der jaren is het Academiegebouw meerdere malen verbouwd.

Een beroemde ruimte in het Academiegebouw is het Zweetkamertje. Hier zetten studenten hun naam op de muur als ze hun bul hebben ontvangen. Vroeger wachtten studenten hier in spanning op de uitslag van hun doctoraalexamen. Vandaar de naam Zweetkamertje.

Het Academiegebouw huisvest de vaste opstelling van het Academisch Historisch Museum. 

Achter het Academiegebouw ligt de oudste botanische tuin van Nederland en West-Europa. Op deze pek werd in 1590 de eerste Hortus botanicus aangelegd. Tegenwoordig is de entree van de Hortus weer ingericht naar voorbeeld van die eerste tuin: de Clusiustuin. 

Deze voortuin is het oudste deel van de hortus en vernoemd naar Carolus Clusius. De botanicus die de tuin eind 16e eeuw liet aanleggen. De Clusiustuin geeft bezoekers een beeld van de Hortus rond 1600. 

Vlak na de stichting van de universiteit werd al een kruidentuin aangelegd voor studenten geneeskunde. Maar pas met de komst van Clusius kreeg de universiteit een echte Hortus botanicus. Niet alleen de locatie is oud: in de tuin groeien meerdere zeer oude bomen. Vlak bij de ingang staat een goudenregen die al voorkomt in een inventarisatie uit 1601.

In dit voormalige ziekenhuis blies hoogleraar Herman Boerhaave  de geneeskunst nieuw leven in. Museum Boerhaave heeft meer dan 35.000 voorwerpen over de geschiedenis van de natuurwetenschappen en de geneeskunde. Het museum behoort niet tot de Universiteit Leiden, maar bezoekers kunnen er goed zien welke ontdekkingen Leidse wetenschappers hebb ngedaan. De vaste collecties bevatten voorwerpen die behoren tot de absolute wereldtop, zoals de microscopen van Antoni van Leeuwenhoek en uitvindingen van Christiaan Huygens.

Een permanente tentoonstelling in Museum Boerhaave is een reconstructie van het beroemde anatomisch theater van de Universiteit Leiden. In dit voormalige theater werden in de zestiende en zeventiende eeuw openbare anatomielessen gegeven. Verschillende tijdelijke tentoonstellingen leggen een link gelegd tussen historische voorwerpen en actuele thema’s.

Aan de Witte Singel ligt een ander beroemd universiteitsgebouw: de Oude Sterrewacht. Dit prominente gebouw met zijn zinken koepels werd in 1861 gebouwd en is in 2009 gerenoveerd. De bouw van het pand was het begin van een bloeiperiode van Sterrenkunde in Leiden. De Sterrewacht had beroemde directeuren als Willem de Sitter en Jan Hendrik Oort.

Sinds de jaren zeventig van de 20e eeuw zijn de Leidse Sterrenkundigen gehuisvest aan de Wassenaarseweg. In het oude observatorium is een bezoekerscentrum ingericht; het pand biedt ook onderdak aan de faculteit Rechtsgeleerdheid.

Het Sieboldhuis is geen universiteitsgebouw, maar staat wel symbool voor de speciale band tussen de Universiteit Leiden en Japan. Dankzij de Duitse arts Von Siebold  kon Leiden uitgroeien tot expertisecentrum van Aziatische geschiedenis en cultuur. Zijn voormalige woonhuis is tegenwoordig ingericht als Japanmuseum. Het museum heeft een prachtige collectie voorwerpen die Von Siebold verzamelde tijdens zijn verblijf op Deshima, de Nederlandse handelsnederzetting in Japan.

Von Siebold bracht ook een uitgebreide verzameling planten mee naar Leiden. In de Hortus Botanicus zijn nog altijd originele planten hem te bewonderen. Zijn boeken liet hij na aan de universiteitsbibliotheek en zijn etnografische collectie vond een plekje in Museum Volkenkunde.