Sjaak Neefjes
Hoogleraar Chemische immunologie
- Naam
- Prof.dr. J.J.C. Neefjes
- Telefoon
- +31 71 527 2727
- j.j.c.neefjes@umail.leidenuniv.nl
- ORCID iD
- null
Neefjes is professor in Chemische Immunologie en afdelingshoofd van de afdeling Cel en Chemische Biologie (CCB) bij het LUMC te Leiden. Hij is tevens voorzitter Research Counsel en lid van de Research Board. Daarnaast is hij bestuurslid van de KNAW en van FEAM. Hij is gekozen lid van de Noorse Academie van Wetenschappen, EMBO, Academia Europaea en de KHMW. Voor zijn werk is hij onderscheiden met verschillende prijzen waaronder de Gouden medaille van de KNCV, de Nefkens prijs en de Spinoza prijs en heeft hij 2 keer een ERC Advanced gekregen.
Meer informatie over Sjaak Neefjes
Nieuws
-
‘Ook zonder patent moet het chemomiddel op de markt’ -
Is een pil tegen kanker een kwestie van tijd? -
Spinozapremie voor Leidse celbioloog, immunoloog en chemicus Sjaak Neefjes -
Vier Leidse hoogleraren benoemd tot lid van KHMW -
De chemie achter kankermedicijnen: op zoek naar minder bijwerkingen -
Hermen Overkleeft en Sjaak Neefjes in de Volkskrant: waarom zou je als academicus nog op D66 stemmen? -
Samen tegen kanker: Mario van der Stelt sluit zich aan bij Oncode Institute -
TA-premies voor onderzoek naar nieuwe geneesmiddelen voor kanker en allergieën -
Zwaartekracht subsidie toegekend voor Chemische Immunologie
Zie ook
Oud-promovendi
Neefjes is professor in Chemische Immunologie en afdelingshoofd van de afdeling Cel en Chemische Biologie (CCB) bij het LUMC te Leiden. Hij is tevens voorzitter Research Counsel en lid van de Research Board. Daarnaast is hij bestuurslid van de KNAW en van FEAM.
Hij is gekozen lid van de Noorse Academie van Wetenschappen, EMBO, Academia Europaea en de KHMW.
Voor zijn werk is hij onderscheiden met verschillende prijzen waaronder de Gouden medaille van de KNCV, de Nefkens prijs en de Spinoza prijs en heeft hij 2 keer een ERC Advanced gekregen.
Chemische immunologie
Neefjes gebruikt chemische tools en remmers om biologische processen te bestuderen. Deze hebben een relatie tot de wijze waarop MHC moleculen werken en door de cel reizen, de wijze waarop bacteriën kanker kunnen veroorzaken en de wijze waarop een belangrijke klasse kanker medicijnen werken. Neefjes heeft deze kanker medicijnen veel minder giftig gemaakt en is nu bezig twee van deze middelen te maken voor het gebruik in de kliniek.
Wetenschappelijke carrière
Neefjes heeft Scheikunde aan de VU gestudeerd en ging naar het NKI om bij Hidde Ploegh te promoveren met als vraag hoe MHC moleculen werken. Hij promoveerde met het proefschrift genaamd ‘Cell Biological aspects of MHC class I and II molecules ’cum laude op 2 november 1990 aan de VU. Na een post-doc aan het DKFZ in Heidelberg begon Neefjes als groepsleider aan het NKI in Amsterdam, waar hij onderdirecteur en hoofd van verschillende afdelingen was. Hij verhuisde samen met de groep van Huib Ovaa in 2016 naar het LUMC waar Neefjes nu hoofd van de afdeling CCB is. Neefjes’ oratie werd op 26 september 2000 uitgesproken onder de titel ‘Over leven en overleven’.
Prijzen en eervolle benoemingen
Gedurende zijn carrière heeft Neefjes verscheidene prijzen in verschillende disciplines ontvangen, inclusief: de Antoni van Leeuwenhoek prijs (1990), een Gouden Medaille van de Koninklijke Nederlandse Chemische Vereniging (KNCV 1996), ERC Advanced grants (2009; 2015), Zwaartekrachtsubsidie (2015) en de carrièreprijs van de Nederlandse Vereniging voor Immunologie (NVVI, the Lochem lecture; 2015). Hij heeft ook twee eervolle lezingen gehouden: de Ruysch Lezing (AMC, Amsterdam; 2012) en de Beatty Lezing (McGill University, Montreal, Canada; 2012).
Andere prijzen:
1992 EMBO long term fellowship
1996 Pioneer Grant
2007 Gekozen lid EMBO
2009 ERC Advanced Grant
2010 Gekozen lid European Academy of Cancer Sciences
2013 Gekozen lid Academia Europaea
2013 Ontvanger en hoofdaanvrager Gravity Programma Instituut voor Chemische Immunologie ICI
2014 Gekozen lid van de Norwegian Academy of Science and Letters (Det Norske Videnskaps-Akademi)
2015 Gekozen lid en Nederlandse vertegenwoordiger in de EU COST Wetenschappelijk Comité
2015 Gekozen lid van de Koninklijke Nederlandse Academie van Wetenschappen (KNAW)
2015 van Loghem lezing, de jaarlijkse carrièreprijs voor onderzoek in Immunologie van de Nederlandse Vereniging voor Immunologie (NVVI)
2016 Tweede ERC Advanced Grant
Lokale, nationale en internationale activiteiten en verantwoordelijkheden
2001 – present Wetenschappelijke Advies Raad van de IMBC in Porto, Portugal
2002 – 2005 Wetenschappelijk Advies Raad Medisch Onderzoek (MRC) UK
2002 – 2005 Wetenschappelijke Raad van het Veni Programma van de Nederlandse Wetenschappelijke Organisatie (NWO)
2002 Wetenschappelijke Raad van ZonMW/Diabetes Stichting
2003 – 2008 Wetenschappelijk Raad van de Nederlandse Kankerbestrijding KWF
2007 – 2008 Voorzitter WRK
2005 Wetenschappelijke Raad TOP subsidiesysteem, Chemisch Onderzoek van de Nederlandse Wetenschappelijke Organisatie (NWO)
2007 – heden EMBO lid
2008 – 2013 CBG-CGC lid
2009 – 2011 Plaatsvervangend voorzitter van de Wetenschappelijke Raad van het VIDI Programma NWO
2009 – present Lid Faculteit van 1000
2009 – present Wetenschappelijk Raad Kinderoncologie (KiKa)
2010- 2011 Lid van het Comité van Biowetenschappen van de KNAW
2011 – 2015 Wetenschappelijke Raad van Translationeel Onderzoek KWF
2011- Voorzitter Mid-term reviews en bijeenkomsten KiKa subsidies
2011- Voorzitter Wetenschappelijke Raad Kinderoncologie (KiKa)
2012 Voorzitter Wetenschappelijke Raad van het VIDI programma NWO-CW
2013-2015 Lid speerpunt Translationeel Onderzoek KWF
2013 Lid NWO comité VICI subsidies
2013- Lid Raad voor Aard- en Levenswetenschappen van KNAW (RAL-KNAW)
2014- Award comité Tom Voute prijs
2014-2018 Nederlandse vertegenwoordiger in de onderzoeksraad EU COST programma
2015 Voorzitter ALW Rubicon comité
2014 ANR LABEX jury, Parijs
2015 President sub jury BIO MED Immunoinfection, Parijs
2015- Review Raad Swedish Academy
2015 Lid NWO VICI comité
2015 Voorzitter Gravity Programma Instituut van Chemische Immunologie
2016 ANR LABEX Jury Parijs
2017 Voorzitter wetenschappelijke commissie voor het Europees Immunologie congres
2018 Voorzitter site visit HCERES Institutes Paris
Lokaal:
1998 – 2016 Onderzoeksraad Nederlands Kanker Instituut/Antoni van Leeuwenhoek (NKI/AVL)
2002 – 2005 Bestuurder Adviesraad Wetenschap NKI/AVL
2007 – 2011 Plaatsvervangend bestuurder Wetenschap NKI/AVL
Ad hoc adviseur voor besluiten m.b.t. benoemingen bij Harvard Medical School, beoordelingen bij ANR (France) en andere internationale wetenschappelijke instituten.
Actuele Subsidie Support (2016)
1. Titel: ERC Advanced Grant Grant Agreement Number 249951 'MHC Class II-omics' Towards understanding and manipulation of MHC class II antigen presentation.
Datum: 01-09-2010- 31-12-2014
Sponsor: EEG-CEG/EU
Rol: PI
Totaal subsidieperiode: € 2.080.000,00
2. Titel: Systemic approach to define the MHC class I and II modifying secretome
Datum: 01-11-2012- 01-11-2015
Sponsor: NWO-ALW
Rol: PI
Collaborative project
Totaal subsidieperiode: € 249.999,99
3. Titel: Defining personalized treatment options for mesothelioma patients.
Datum: 01-04-2013 - 01-04-2014
Sponsor: AVLKRF (KWF)
Rol: PI
Multi-center trial
Totaal subisideperiode: € 94.000,00
4. Titel: Chemical Immunology to modulate cross-presentation for improved vaccines.
Datum: 01-07-2013- 01-07-2017
Sponsor: NWO Chemische Wetenschappen
Rol: PI
Collaborative project
Totaal subsidieperiode: € 390.000,00
5. Titel: Salmonella infections and gallbladder cancer.
Datum: 01-09-2013 - 01-09-2017
Sponsor: KWF
Rol: PI
Collaborative project
Totaal subisidieperiode: € 550.800,00
6. Titel: ERC Adv Grant ER control of endosomal positioning
Datum 1-9-2016 -1-9-2021
Sponsor: EEG-CEG/EU
Rol: PI
Totaal subsidieperiode: €2.200.000,00
7. Titel: Oncology research
Datum: 2017-2027
Sponsor: Onco-XL
Rol: PI
Totaal subsidieperiode: €2.500.000,-
8. The Institute for Chemical Immunology
Datum: 2014-2-24
Sponsor: The ministery of Education and Sciences
Rol: Chairman of the consortium
Totaal subisidieperiode: €17.000.000,00 (for chair about €1.000.000,-)
9. Titel: Bacterial food poisoning and colon cancer; a cell biological and epidemiological study
Datum: 01-11-2017 – 01-11-2021
Sponsor: KWF
Projectnummer: 11001
Rol: PI
Totaal subsidieperiode: €571.699,00
10. Titel: Reintroducing aclarubicin in the treatment of relapsed and refractory AML patients
Datum: 01-07-2018 – 01-07-2021
Sponsor: KWF
Projectnummer; 11356
Hoogleraar Chemische immunologie
- Wiskunde en Natuurwetenschappen
- Leiden Institute of Chemistry
- LIC/Chemical Biology
- LIC/CB/Bio-organic Synthesis
Hoogleraar Chemische Immunologie
- Faculteit Geneeskunde
- Divisie 4
- Cel en Chemische biologie
- Scywacyk V., Slaats R.H., Cofino-Fabres C., Den S.A. ten, Rivera-Arbeláez J.M., Dannenberg M., Boheemen C. van, Ribeiro M.C., Zanden S.Y. van der, Nollet E.D., Velden J., Neefjes J.J.C. & Cao L. (2024), A safety screening platform for individualized cardiotoxicity assessment, iScience 27(3): 109139.
- Hulst M.B., Zhang L., Heul H.U. van der, Du C., Elsayed S.S.M.A., Koroleva A., Grocholski T., Wander D.P.A., Metsä-Ketelä M., Neefjes J.J.C. & Wezel G.P. (2024), Metabolic engineering of Streptomyces peucetius for biosynthesis of N,N-dimethylated anthracyclines, Frontiers in Bioengineering and Biotechnology 12: 1363803.
- Gelder M.A. van, Li Y., Wander D.P.A., Berlin I., Overkleeft H.S., Zanden S.Y. van der & Neefjes J.J.C. (2024), Novel N,N-Dimethyl-idarubicin Analogues Are Effective Cytotoxic Agents for ABCB1-Overexpressing, Doxorubicin-Resistant Cells, Journal of Medicinal Chemistry 67(16): 13802-13812.
- Wijdeven, R.H.; Luk, S.J.; Schoufour, T.A.W.; Zanden, S.Y.V.; Cabezuelo, M.; Heemskerk, M.H.M. & Neefjes, J. (2024), Balanced epigenetic regulation of MHC class I expression in tumor cells by the histone ubiquitin modifiers BAP1 and PCGF1, The Journal of Immunology 212(3).
- Ciurli, A.; Mohammed, Y.; Ammon, C.; Derks, R.J.E.; Olivier-Jimenez, D.; Ducarmon, Q.R.; Slingerland, M.; Neefjes, J.J.C. & Giera, M. (2024), Spatially and temporally resolved metabolome of the human oral cavity, iScience 27(2).
- Cabukusta, B.; Pauwels, S.B.; Akkermans, J.J.; Blomberg, N.; Mulder, A.A.; Koning, R.; Giera, M. & Neefjes, J. (2024), The ORP9-ORP11 dimer promotes sphingomyelin synthesis, eLife 12.
- Wang, Y.M.; Beurden, A.W. van; Tersteeg, M.M.H.; Michel, S.; Kastelein, A.; Neefjes, J.; Rohling, J.H.T.; Meijer, J.H. & Deboer, T. (2024), Internal circadian misallignment in a mouse model of chemotherapy induced fatigue, Brain, Behavior, and Immunity 115: 588-599.
- Schoufour, T.A.W.; Duijn, A.V. van; Derksen, I.; Melgers, M.; Veenendaal, J.M.F. van; Lensen, C.; Heemskerk, M.H.M.; Neefjes, J.; Wijdeven, R.H.M. & Scheeren, F.A. (2024), CRISPR-Cas9 screening reveals a distinct class of MHC-I binders with precise HLA-peptide recognition, iScience 27(6).
- Middelburg, J.; Ghaffari, S.; Schoufour, T.A.W.; Sluijter, M.; Schaap, G.; Göynük, B.; Sala, B.M.; Al-Tamimi, L.; Scheeren, F.; Franken, K.L.M.C.; Akkermans, J.J.L.L.; Cabukusta, B.; Joosten, S.A.; Derksen, I.; Neefjes, J.; Burg, S.H. van der; Achour, A.; Wijdeven, R.H.M.; Weidanz, J. & Hall, T. van (2023), The MHC-E peptide ligands for checkpoint CD94/NKG2A are governed by inflammatory signals, whereas LILRB1/2 receptors are peptide indifferent, Cell Reports 42(12).
- Berlin, I.; Sapmaz, A.; Stevenin, V. & Neefjes, J. (2023), Ubiquitin and its relatives as wizards of the endolysosomal system, Journal of Cell Science 136(4).
- Jongsma, M.L.M.; Bakker, N. & Neefjes, J. (2023), Choreographing the motor-driven endosomal dance, Journal of Cell Science 136(5).
- Buck, T.M.; Quinn, P.M.J.; Pellissier, L.P.; Mulder, A.A.; Jongejan, A.; Lu, X.F.; Boon, N.; Koot, D.; Almushattat, H.; Arendzen, C.H.; Vos, R.M.; Bradley, E.J.; Freund, C.; Mikkers, H.M.M.; Boon, C.J.F.; Moerland, P.D.; Baas, F.; Koster, A.J.; Neefjes, J.; Berlin, I.; Jost, C.R. & Wijnholds, J. (2023), CRB1 is required for recycling by RAB11A+vesicles in human retinal organoids, Stem Cell Reports 18(9): 1793-1810.
- Olajide, O.M.; Osman, M.K.; Robert, J.; Kessler, S.; Toews, L.K.; Thamamongood, T.; Neefjes, J.; Wrobel, A.G.; Schwemmle, M.; Ciminski, K. & Reuther, P. (2023), Evolutionarily conserved amino acids in MHC-II mediate bat influenza, PLoS Biology 21(7).
- Gelder, M.A. van; Zanden, S.Y. van der; Vriends, M.B.L.; Wagensveld, R.A.; Marel, G.A. van der; Codee, J.D.C.; Overkleeft, H.S.; Wander, D.P.A. & Neefjes, J.J.C. (2023), Re-exploring the anthracycline chemical space for better anti-cancer compounds, Journal of Medicinal Chemistry 66(16).
- Cremer, T.; Voortman, L.M.; Bos, E.; Jongsma, M.L.M.; Haar, L.R. ter; Akkermans, J.J.L.L.; Ormeno, C.M.T.; Wijdeven, R.H.; Vries, J. de; Kim, R.Q.; Janssen, G.M.C.; Veelen, P.A. van; Koning, R.I.; Neefjes, J. & Berlin, I. (2023), RNF26 binds perinuclear vimentin filaments to integrate ER and endolysosomal responses to proteotoxic stress, The EMBO Journal 42(18).
- Kapteijn, M.Y.; Zwaan, S.; Linden, E. ter; Laghmani, E.; Akker, R.F.P. van den; Rondon, A.M.R.; Zanden, S.Y. van der; Neefjes, J.; Versteeg, H.H. & Buijs, J.T. (2023), Temozolomide and lomustine induce tissue factor expression and procoagulant activity in glioblastoma cells in vitro, Cancers 15(8).
- Zanden, S.Y. van der; Jongsma, M.L.M.; Neefjes, A.C.M.; Berlin, I. & Neefjes, J. (2023), Maintaining soluble protein homeostasis between nuclear and cytoplasmic compartments across mitosis, Trends in Cell Biology 33(1): 18-29.
- Brouwer, T.P.; Zanden, S.Y. van der; Ploeg, M. van der; Eendenburg, J.D.H. van; Bonsing, B.A.; Miranda, N.F.C.C. de; Neefjes, J.J. & Vahrmeijer, A.L. (2022), The identification of the anthracycline aclarubicin as an effective cytotoxic agent for pancreatic cancer, Anti-Cancer Drugs 33(7): 614-621.
- Elsland, D.M.; Duijster J.W. van; Zhang, J.; Stévenin, V.; Zhang, Y.; Zha, L.; Xia, Y.; Franz, E.; Sun, J.; Mughini-Gras, L. & Neefjes, J. (2022), Repetitive exposure to non-typhoidal Salmonellae is an environmental risk factor for colon cancer, Cell Host & Microbe.
- Berner, F.; Bomze, D.; Lichtensteiger, C.; Walter, V.; Niederer, R.; Ali, O.H.; Wyss, N.; Bauer, J.; Freudenmann, L.K.; Marcu, A.; Wolfschmitt, E.M.; Haen, S.; Gross, T.; Abdou, M.T.; Diem, S.; Knopfli, S.; Sinnberg, T.; Hofmeister, K.; Cheng, H.W.; Toma, M.; Klumper, N.; Purde, M.T.; Pop, O.T.; Jochum, A.K.; Pascolo, S.; Joerger, M.; Fruh, M.; Jochum, W.; Rammensee, H.G.; Laubli, H.; Holzel, M.; Neefjes, J.; Walz, J. & Flatz, L. (2022), Autoreactive napsin A-specific T cells are enriched in lung tumors and inflammatory lung lesions during immune checkpoint blockade, Science Immunology 7(75).
- Chora, A.F.; Pedroso, D.; Kyriakou, E.; Pejanovic, N.; Colaco, H.; Gozzelino, R.; Barros, A.; Willmann, K.; Velho, T.; Moita, C.F.; Santos, I.; Pereira, P.; Carvalho, S.; Martins, F.B.; Ferreira, J.A.; Almeida, S.F. de; Benes, V.; Anrather, J.; Weis, S.; Soares, M.P.; Geerlof, A.; Neefjes, J.; Sattler, M.; Messias, A.C.; Neves-Costa, A.; Moita, L.F. & Abu-Amer, Y. (2022), DNA damage independent inhibition of NF-kappa B transcription by anthracyclines, eLife 11.
- Wang, Y.M.; Zanden, S.Y. van der; Leerdam, S. van; Tersteeg, M.M.H.; Kastelein, A.; Michel, S.; Neefjes, J.; Meijer, J.H. & Deboer, T. (2022), Induction of fatigue by specific anthracycline cancer drugs through disruption of the circadian pacemaker, Cancers 14(10).
- Reits, E. & Neefjes, J. (2022), HLA molecules in transplantation, autoimmunity and infection control: A comic book adventure, HLA: Immune Response Genetics 100(4): 301-311.
- Harryvan, T.J.; Visser, M.; Bruin, L. de; Plug, L.; Griffioen, L.; Mulder, A.; Veelen, P.A. van; Noort, G.J.V. van; Jongsma, M.L.; Meeuwsen, M.H.; Wiertz, E.J.; Santegoets, S.J.; Hardwick, J.C.; Hall, T. van; Neefjes, J.; Burg, S.H. van der; Hawinkels, L.J.A.C. & Verdegaal, E.M.E. (2022), Enhanced antigen cross-presentation in human colorectal cancer-associated fibroblasts through upregulation of the lysosomal protease cathepsin S, Journal for ImmunoTherapy of Cancer 10(3).
- Wijdeven, R.H.; Cabukusta, B.; Behr, F.M.; Qiu, X.; Amiri, D.; Borras, D.M.; Arens, R.; Liang, Y. & Neefjes, J. (2022), CRISPR activation screening identifies VGLL3-TEAD1-RUNX1/3 as a transcriptional complex for PD-L1 expression, The Journal of Immunology 209(5): 907-915.
- Stevenin, V. & Neefjes, J. (2022), Control of host PTMs by intracellular bacteria: An opportunity toward novel anti-infective agents, Cell chemical biology 29(5): 741-756.
- Fletcher, E.; Kerzeli, I.; Cordfunke, R.; Nasi, A.; Törnqvist, G.; Valentijn, R.; Lindqvist, F.; Dillmann, I.; Lord, M.; Bouwman, N.; Neefjes, J.; Dolezal, N.; Franken, K.; McArdle, S.; Ahmad, M.; Johansson, S.; Ossendorp, F.; Haggman, M.; Lilleby, W.; Ullenhag, G.; Ladjevardi, S.; Jarblad, J.; Drijfhout, J.W. & Mangsbo, S. (2022), Promoting immunogenicity of synthetic long peptide vaccines based on in vivo IgG complex formation: Preclinical evaluation and clinical entry of the TET platform, Cancer Research 82(12).
- Elsland, D.M. van; Duijster, J.W.; Zhang, J.L.; Stevenin, V.; Zhang, Y.G.; Zha, L.; Xia, Y.L.; Franz, E.; Sun, J.; Mughini-Gras, L. & Neefjes, J. (2022), Repetitive non-typhoidal Salmonella exposure is an environmental risk factor for colon cancer and tumor growth, Cell Reports Medicine 3(12).
- Jongsma M.L.M., Waard A.A. de, Raaben M., Zhang T., Cabukusta B., Platzer R., Blomen V.A., Xagara A., Verkerk T., Bliss S., Kong X., Gerke C., Janssen L., Stickel E., Holst S., Plomp R., Mulder A., Ferrone S., Claas F.H.J., Heemskerk M.H.M., Griffioen M., Halenius A., Overkleeft H.S., Huppa J.B., Wuhrer M., Brummelkamp T.R., Neefjes J. & Spaapen R.M. (2021), The SPPL3-defined glycosphingolipid repertoire orchestrates HLA class I-mediated immune responses, Immunity 54(1): 132-150.
- Wander D.P.A., Zanden S.Y. van der, Vriends M.B.L. Veen B.C. van, Vlaming J.G.C., Bruyning T., Hansen T., Marel G.A. van der, Overkleeft H.S., Neefjes J.J.C. & Codée J.D.C. (2021), Synthetic (N,N-dimethyl)doxorubicin glycosyl diastereomers to dissect modes of action of anthracycline anticancer drugs, Journal of Organic Chemistry (JOC) 86(8): 5757-5770.
- Cremer, T.; Jongsma, M.L.M.; Trulsson, F.; Vertegaal, A.C.O.; Neefjes, J. & Berlin, I. (2021), The ER-embedded UBE2J1/RNF26 ubiquitylation complex exerts spatiotemporal control over the endolysosomal pathway, Cell Reports 34(3).
- Jongsma, M.L.M.; Waard, A.A. de; Raaben, M.; Zhang, T.; Cabukusta, B.; Platzer, R.; Blomen, V.A.; Xagara, A.; Verkerk, T.; Bliss, S.; Kong, X.R.; Gerke, C.; Janssen, L.; Stickel, E.; Holst, S.; Plomp, R.; Mulder, A.; Ferrone, S.; Claas, F.H.J.; Heemskerk, M.H.M.; Griffioen, M.; Halenius, A.; Overkleeft, H.; Huppa, J.B.; Wuhrer, M.; Brummelkamp, T.R.; Neefjes, J. & Spaapen, R.M. (2021), The SPPL3-defined glycosphingolipid repertoire orchestrates HLA class I-mediated immune responses, Immunity 54(1): 132-+.
- Duijster, J.W.; Franz, E.; Neefjes, J. & Mughini-Gras, L. (2021), Bacterial and parasitic pathogens as risk factors for cancers in the gastrointestinal tract: a review of current epidemiological knowledge, Frontiers in Microbiology 12.
- Berner, F.; Niederer, R.; Luimstra, J.J.; Pop, O.T.; Jochum, A.K.; Purde, M.T.; Ali, O.H.; Bomze, D.; Bauer, J.; Freudenmann, L.K.; Marcu, A.; Wolfschmitt, E.M.; Haen, S.; Gross, T.; Dubbelaar, M.L.; Abdou, M.T.; Baumgaertner, P.; Appenzeller, C.; Cicin-Sain, C.; Lenz, T.; Speiser, D.E.; Ludewig, B.; Driessen, C.; Jorger, M.; Fruh, M.; Jochum, W.; Cozzio, A.; Rammensee, H.G.; Walz, J.; Neefjes, J. & Flatz, L. (2021), Keratinocyte differentiation antigen-specific T cells in immune checkpoint inhibitor-treated NSCLC patients are associated with improved survival, OncoImmunology 10(1).
- Bakke, O.; Margiotta, A.; Frei, D.; Skjeldal, F.; Sendstad, I.; Janssen, L. & Neefjes, J. (2021), Invariant chain regulates the endosomal pathway through interactions with the SNARE machinery, Scandinavian Journal of Immunology 94(6).
- Mishto, M.; Rodriguez-Hernandez, G.; Neefjes, J.; Urlaub, H. & Liepe, J. (2021), Response: commentary: an in silico- in vitro pipeline identifying an HLA-A*02:01+KRAS G12V+spliced epitope candidate for a broad tumor-immune response in cancer patients, Frontiers in Immunology 12.
- Jongsma, M.L.M.; Waard, A.A. de; Raaben, M.; Zhang, T.; Cabukusta, B.; Platzer, R.; Blomen, V.A.; Xagara, A.; Verkerk, T.; Bliss, S.; Kong, X.R.; Gerke, C.; Janssen, L.; Stickel, E.; Holst, S.; Plomp, R.; Mulder, A.; Ferrone, S.; Claas, F.H.J.; Heemskerk, M.H.M.; Griffioen, M.; Halenius, A.; Overkleeft, H.; Huppa, J.B.; Wuhrer, M.; Brummelkamp, T.R.; Neefjes, J. & Spaapen, R.M. (2021), The SPPL3-defined glycosphingolipid repertoire orchestrates HLA class I-mediated immune responses (vol 54, 132.e1, 2021), Immunity 54(2): 387-387.
- Spits, M.; Heesterbeek, I.T.; Voortman, L.M.; Akkermans, J.J.; Wijdeven, R.H.; Cabukusta, B. & Neefjes, J. (2021), Mobile late endosomes modulate peripheral endoplasmic reticulum network architecture, EMBO Reports 22(3).
- Neefjes J & Cabukusta B (2021), What the VAP: the expanded VAP family of proteins interacting with FFAT and FFAT-related motifs for interorganellar contact , Contact 4(2515-2564).
- Ciurli, A.; Derks, R.J.E.; Liebl, M.; Ammon, C.; Neefjes, J. & Giera, M. (2021), Spatially resolved sampling of the human oral cavity for metabolic profiling, STAR Protocols 2(4).
- Perrin, P.; Janssen, L.; Janssen, H.; Broek, B. van den; Voortman, L.M.; Elsland, D. van; Berlin, I. & Neefjes, J. (2021), Retrofusion of intralumenal MVB membranes parallels viral infection and coexists with exosome release, Current Biology 31(17): 3884-+.
- Duijster, J.; Mughini-Gras, L.; Neefjes, J. & Franz, E. (2021), Occupational exposure and risk of colon cancer, BMJ Open 11(8).
- Hulst, M.B.; Grocholski, T.; Neefjes, J.J.C.; Wezel, G.P. van & Metsa-Ketela, M. (2021), Anthracyclines: biosynthesis, engineering and clinical applications, Natural Product Reports.
- Aman, J.; Duijvelaar, E.; Botros, L.; Kianzad, A.; Schippers, J.R.; Smeele, P.J.; Azhang, S.; Bartelink, I.H.; Bayoumy, A.A.; Bet, P.M.; Boersma, W.; Bonta, P.I.; Boomars, K.A.T.; Bos, L.D.J.; Bragt, J.J.M.H. van; Braunstahl, G.J.; Celant, L.R.; Eger, K.A.B.; Geelhoed, J.J.M.; Glabbeek, Y.L.E. van; Grotjohan, H.P.; Hagens, L.A.; Happe, C.M.; Hazes, B.D.; Heunks, L.M.A.; Heuvel, M. van den; Hoefsloot, W.; Hoek, R.J.A.; Hoekstra, R.; Hofstee, H.M.A.; Juffermans, N.P.; Kemper, E.M.; Kos, R.; Kunst, P.W.A.; Lammers, A.; Lee, I. van der; Lee, E.L. van der; Maitland-van der Zee, A.H.; Asam, P.F.M.M.; Mieras, A.; Muller, M.; Neefjes, E.C.W.; Nossent, E.J.; Oswald, L.M.A.; Overbeek, M.J.; Pamplona, C.C.; Paternotte, N.; Pronk, N.; Raaf, M.A. de; Raaij, B.F.M. van; Reijrink, M.; Schultz, M.J.; Neto, A.S.; Slob, E.M.A.; Smeenk, F.W.J.M.; Smit, M.R.; Smits, A.J.; Stalenhoef, J.E.; Tuinman, P.R.; Vanhove, A.L.E.M.; Wessels, J.N.; Wezenbeek, J.C.C. van; Noordegraaf, A.V.; Man, F.S. de & Bogaard, H.J. (2021), Imatinib in patients with severe COVID-19, The Lancet Respiratory Medicine 9(9): 957-968.
- Duijster, J.W.; Hansen, J.V.; Franz, E.; Neefjes, J.J.C.; Frisch, M.; Mughini-Gras, L. & Ethelberg, S. (2021), Association between Salmonella infection and colon cancer, Epidemiology and Infection 149.
- Jongsma, M.L.M.; Neefjes, J. & Spaapen, R.M. (2021), Playing hide and seek: tumor cells in control of MHC class I antigen presentation, Molecular Immunology 136: 36-44.
- Wander, D.P.A.; Zanden, S.Y. van der; Vriends, M.B.L.; Veen, B.C. van; Vlaming, J.G.C.; Bruyning, T.; Hansen, T.; Marel, G.A. van der; Overkleeft, H.S.; Neefjes, J.J.C. & Codee, J.D.C. (2021), Synthetic (N,N-dimethyl)doxorubicin glycosyl diastereomers to dissect modes of action of anthracycline anticancer drugs, Journal of Organic Chemistry 86(8): 5757-5770.
- Maurits E., Graaff M.J. van de, Maiorana S., Wander D.P.A., Dekker P.M., Zanden S.Y. van der, Florea B.I., Neefjes J.J.C., Overkleeft H.S. & Kasteren S.I. van (2020), Immunoproteasome inhibitor-doxorubicin conjugates target multiple myeloma cells and release doxorubicin upon low-dose photon irradiation, Journal of the American Chemical Society 142(16): 7250-7253.
- Qiao X., Zanden S.Y. van der, Wander D.P.A., Borràs D.M., Song J.Y., Li X., Duikeren S. van, Gils N. van, Rutten A., Herwaarden T. van, Tellingen O. van, Giacomelli E., Bellin M., Orlova V., Tertoolen L.G.J., Gerhardt S., Akkermans J.J., Bakker J.M., Zuur C.L., Pang B., Smits A.M., Mummery C.L., Smit L., Arens R., Li J., Overkleeft H.S. & Neefjes J.J.C. (2020), Uncoupling DNA damage from chromatin damage to detoxify doxorubicin, Proceedings of the National Academy of Sciences 117(26): 15182-15192.
- Neefjes J.J.C., Overkleeft H.S., Ploegh H.L. & Schulman B. (2020), Obituary Huib Ovaa (1973-2020), Cell chemical biology 27(6): 645-646.
- Wander D.P.A., Zanden S.Y. van der, Marel G.A. van der, Overkleeft H.S., Neefjes J.J.C. & Codee J.D.C. (2020), Doxorubicin and aclarubicin: shuffling anthracycline glycans for improved anticancer agents, Journal of Medicinal Chemistry 63(21): 12814-12829.
- Zanden, S.Y. van der; Luimstra, J.J.; Neefjes, J.; Borst, J. & Ovaa, H. (2020), Opportunities for Small Molecules in Cancer Immunotherapy, Trends in Immunology 41(6): 493-511.
- Cabukusta, B.; Berlin, I.; Elsland, D.M. van; Forkink, I.; Spits, M.; Jong, A.W.M. de; Akkermans, J.J.L.L.; Wijdeven, R.H.M.; Janssen, G.M.C.; Veelen, P.A. van & Neefjes, J. (2020), Human VAPome analysis reveals MOSPD1 and MOSPD3 as membrane contact site proteins interacting with FFAT-related FFNT motifs, Cell Reports 33(10).
- Mankor, J.M.; Zwierenga, A.F.; Dumoulin, D.W.; Neefjes, J.J.C. & Aerts, J.G.J.V. (2020), A brief report on combination chemotherapy and anti-programmed death (ligand) 1 treatment in small-cell lung cancer, European Journal of Cancer 137: 40-44.
- Boomen, D.J.H. van den; Sienkiewicz, A.; Berlin, I.; Jongsma, M.L.M.; Elsland, D.M. van; Luzio, J.P.; Neefjes, J.J.C. & Lehner, P.J. (2020), A trimeric Rab7 GEF controls NPC1-dependent lysosomal cholesterol export, Nature Communications 11(1).
- Wang, Y.; Leerdam, S. van; Derzanden, S. van; Domenie, E.; Michel, S.; Walschots, Q.; Neefjes, J.; Meijer, J. & Deboer, T. (2020), Chemotherapy reduces running wheel activity and alters the strength of the output of the circadian clock, Journal of Sleep Research 29: 136-137.
- Wander, D.P.A.; Zanden, S.Y. van der; Marel, G.A. van der; Overkleeft, H.S.; Neefjes, J. & Codee, J.D.C. (2020), Doxorubicin and aclarubicin, Journal of Medicinal Chemistry 63(21): 12814-12829.
- Margiotta, A.; Frei, D.M.; Sendstad, I.H.; Janssen, L.; Neefjes, J. & Bakke, O. (2020), Invariant chain regulates endosomal fusion and maturation through an interaction with the SNARE Vti1b, Journal of Cell Science 133(19).
- Zanden, S.Y. van der; Qiao, X.H. & Neefjes, J. (2020), New insights into the activities and toxicities of the old anticancer drug doxorubicin, FEBS Journal 288(21).
- Neefjes, J.; Overkleeft, H.; Ploegh, H. & Schulman, B. (2020), Obituary Huib Ovaa (1973-2020), Cell chemical biology 27(6): 645-646.
- Qiao, X.H.; Zanden, S.Y. van der; Wander, D.P.A.; Borras, D.M.; Song, J.Y.; Li, X.Y.; Duikeren, S. van; Gils, N. van; Rutten, A.; Herwaarden, T. van; Tellingen, O. van; Giacomelli, E.; Bellin, M.; Orlova, V.; Tertoolen, L.G.J.; Gerhardt, S.; Akkermans, J.J.; Bakker, J.M.; Zuur, C.L.; Pang, B.X.; Smits, A.M.; Mummery, C.L.; Smit, L.; Arens, R.; Li, J.M.; Overkleeft, H.S. & Neefjes, J. (2020), Uncoupling DNA damage from chromatin damage to detoxify doxorubicin, Proceedings of the National Academy of Sciences 117(26): 15182-15192.
- Cremer, T.; Neefjes, J. & Berlin, I. (2020), The journey of Ca2+ through the cell - pulsing through the network of ER membrane contact sites, Journal of Cell Science 133(24).
- Jongsma, M.L.M.; Bakker, J.; Cabukusta, B.; Liv, N.; Elsland, D. van; Fermie, J.; Akkermans, J.L.L.; Kuijl, C.; Zanden, S.Y. van der; Janssen, L.; Hoogzaad, D.; Kant, R. van der; Wijdeven, R.H.; Klumperman, J.; Berlin, I. & Neefjes, J. (2020), SKIP-HOPS recruits TBC1D15 for a Rab7-to-Arl8b identity switch to control late endosome transport, EMBO Journal 39.
- Jongsma, M.L.M.; Bakker, J.; Cabukusta, B.; Liv, N.; Elsland, D. van; Fermie, J.; Akkermans, J.L.L.; Kuijl, C.; Zanden, S.Y. van der; Janssen, L.; Hoogzaad, D.; Kant, R. van der; Wijdeven, R.H.; Klumperman, J.; Berlin, I. & Neefjes, J. (2020), SKIP-HOPS recruits TBC1D15 for a Rab7-to-Arl8b identity switch to control late endosome transport, EMBO Journal 39(6).
- Maurits, E.; Graaff, M.J. van de; Maiorana, S.; Wander, D.P.A.; Dekker, P.M.; Zanden, S.Y. van der; Florea, B.I.; Neefjes, J.J.C.; Overkleeft, H.S. & Kasteren, S.I. van (2020), Immunoproteasome inhibitor-doxorubicin conjugates target multiple myeloma cells and release doxorubicin upon low-dose photon irradiation, Journal of the American Chemical Society 142(16): 7250-7253.
- Lohman, E.D.; Duijster, J.; Koerkamp, B.G.; Post, R. van der; Franz, E.; Gras, L.M. & Reuver, P. de (2020), Severe salmonella spp. or campylobacter spp. infection and the risk of biliary tract cancer, Cancers 12(11).
- Schurink, B.; Roos, E.; Radonic, T.; Barbe, E.; Bouman, C.S.C.; Boer, H.H. de; Bree, G.J. de; Bulle, E.B.; Aronica, E.M.; Florquin, S.; Fronczek, J.; Heunks, L.M.A.; Jong, M.D. de; Guo, L.H.; Long, R. du; Lutter, R.; Molenaar, P.C.G.; Neefjes-Borst, E.A.; Niessen, H.W.M.; Noesel, C.J.M. van; Roelofs, J.J.T.H.; Snijder, P.E.J.; Soer, E.C.; Verheij, J.; Vlaar, A.P.J.; Vos, W.; Wel, N.N. van der; Wal, A.C. van der; Valk, P. van der & Bugiani, M. (2020), Viral presence and immunopathology in patients with lethal COVID-19, The Lancet Microbe 1(7): E290-E299.
- Janssen A.P.A., Grimm S.H., Wijdeven R.H.M., Lenselink E.B., Neefjes J.J.C., Boeckel C.A.A. van, Westen G.J.P. van & Stelt M. van der (2019), Drug Discovery Maps, a Machine Learning Model That Visualizes and Predicts Kinome-Inhibitor Interaction Landscapes, Journal of Chemical Information and Modeling 59(3): 1221-1229.
- Loeff, F.C.; Rijs, K.; Egmond, E.H.M. van; Zoutman, W.H.; Qiao, X.H.; Kroes, W.G.M.; Veld, S.A.J.; Griffioen, M.; Vermeer, M.H.; Neefjes, J.; Falkenburg, J.H.F.; Halkes, C.J.M. & Jedema, I. (2019), Loss of the GPI-anchor in B-lymphoblastic leukemia by epigenetic downregulation of PIGH expression, American Journal of Hematology 94(1): 93-102.
- Aslam, M.A.; Alemdehy, M.F.; Pritchard, C.E.J.; Song, J.Y.; Muhaimin, F.I.; Wijdeven, R.H.; Huijbers, I.J.; Neefjes, J. & Jacobs, H. (2019), Towards an understanding of C9orf82 protein/CAAP1 function, PLoS ONE 14(1).
- Perrin, P.; Jongsma, M.L.M.; Neefjes, J. & Berlin, I. (2019), The labyrinth unfolds: architectural rearrangements of the endolysosomal system in antigen-presenting cells, Current Opinion in Immunology 58(June 2019).
- Aslam, M.A.; Alemdehy, M.F.; Pritchard, C.E.J.; Song, J.Y.; Muhaimin, F.I.; Wijdeven, R.H.; Huijbers, I.J.; Neefjes, J. & Jacobs, H. (2019), Towards an understanding of C9orf82 protein/CAAP1 function, PLoS ONE 14(1).
- Mishto, M.; Mansurkhodzhaev, A.; Ying, G.; Bitra, A.; Cordfunke, R.A.; Henze, S.; Paul, D.; Sidney, J.; Urlaub, H.; Neefjes, J.; Sette, A.; Zajonc, D.M. & Liepe, J. (2019), An in silico-in vitro Pipeline Identifying an HLA-A*02:01(+) KRAS G12V(+) Spliced Epitope Candidate for a Broad Tumor-Immune Response in Cancer Patients, Frontiers in Immunology 10.
- Perrin, P.; Jongsma, M.L.M.; Neefjes, J. & Berlin, I. (2019), The labyrinth unfolds: architectural rearrangements of the endolysosomal system in antigen-presenting cells, Current Opinion in Immunology 58: 1-8.
- Janssen, A.P.A.; Grimm, S.H.; Wijdeven, R.H.M.; Lenselink, E.B.; Neefjes, J.; Boeckel, C.A.A. van; Westen, G.J.P. van & Stelt, M. van der (2019), Drug Discovery Maps, a Machine Learning Model That Visualizes and Predicts Kinome-Ilnhibitor Interaction Landscapes, Journal of Chemical Information and Modeling 59(3): 1221-1229.
- Grimm, S.H.; Gagestein, B.; Keijzer, J.F.; Liu, N.; Wijdeven, R.H.; Lenselink, E.B.; Tuin, A.W.; Nieuwendijk, A.M.C.H. van den; Westen, G.J.P. van; Boeckel, C.A.A. van; Overkleeft, H.S.; Neefjes, J. & Stelt, M. van der (2019), Comprehensive structure-activity-relationship of azaindoles as highly potent FLT3 inhibitors, Bioorganic and Medicinal Chemistry 27(5): 692-699.
- Berner, F.; Bomze, D.; Diem, S.; Ali, O.H.; Fassler, M.; Ring, S.; Niederer, R.; Ackermann, C.J.; Baumgaertner, P.; Pikor, N.; Cruz, C.G.; Veen, W. van de; Akdis, M.; Nikolaev, S.; Laubli, H.; Zippelius, A.; Hartmann, F.; Cheng, H.W.; Honger, G.; Recher, M.; Goldman, J.; Cozzi, A.; Fruk, M.; Neefjes, J.; Driessen, C.; Ludewig, B.; Hegazy, A.N.; Jochum, W.; Speiser, D.E. & Flatz, L. (2019), Association of Checkpoint Inhibitor-Induced Toxic Effects With Shared Cancer and Tissue Antigens in Non-Small Cell Lung Cancer, JAMA Oncology 5(7): 1043-1047.
- Spits, M.; Janssen, L.J.; Voortman, L.M.; Kooij, R.; Neefjes, A.C.M.; Ovaa, H. & Neefjes, J. (2019), Homeostasis of soluble proteins and the proteasome post nuclear envelope reformation in mitosis, Journal of Cell Science 132(10).
- Sapmaz, A.; Berlin, I.; Bos, E.; Wijdeven, R.H.; Janssen, H.; Konietzny, R.; Akkermans, J.J.; Erson-Bensan, A.E.; Koning, R.I.; Kessler, B.M.; Neefjes, J. & Ovaa, H. (2019), USP32 regulates late endosomal transport and recycling through deubiquitylation of Rab7, Nature Communications 10.
- Mishto, M.; Mansurkhodzhaev, A.; Ying, G.; Bitra, A.; Cordfunke, R.A.; Henze, S.; Paul, D.; Sidney, J.; Urlaub, H.; Neefjes, J.; Sette, A.; Zajonc, D.M. & Liepe, J. (2019), An in silico-in vitro Pipeline Identifying an HLA-A*02:01(+) KRAS G12V(+) Spliced Epitope Candidate for a Broad Tumor-Immune Response in Cancer Patients, Frontiers in Immunology 10.
- Logtenberg, M.E.W.; Jansen, J.H.M.; Raaben, M.; Toebes, M.; Franke, K.; Brandsma, A.M.; Matlung, H.L.; Fauster, A.; Gomez-Eerland, R.; Bakker, N.A.M.; Schot, S. van der; Marijt, K.A.; Verdoes, M.; Haanen, J.B.A.G.; Berg, J.H. van den; Neefjes, J.; Berg, T.K. van den; Brummelkamp, T.R.; Leusen, J.H.W.; Scheeren, F.A. & Schumacher, T.N. (2019), Glutaminyl cyclase is an enzymatic modifier of the CD47-SIRP alpha axis and a target for cancer immunotherapy, Nature Medicine 25(4): 612-+.
- Duijster, J.W.; Franz, E.; Neefjes, J.J.C. & Mughini-Gras, L. (2019), Occupational risk of salmonellosis and campylobacteriosis: a nationwide population-based registry study, Occupational and Environmental Medicine 76(9): 617-624.
- Elsland D.M. van, Pujals S., Bakkum T., Bos E., Oikonomeas-Koppasis N., Berlin I., Neefjes J., Meijer A.H., Koster A.J., Albertazzi L. & Kasteren S.I. van (2018), Ultrastructural Imaging of Salmonella-Host Interactions Using Super-resolution Correlative Light-Electron Microscopy of Bioorthogonal Pathogens, ChemBioChem 19(16): 1766-1770.
- Kasteren S.I. van, Neefjes J.J.C. & Ovaa H. (2018), Creating molecules that modulate immune responses, Nature Reviews Chemistry 2: 184-193.
- Mughini-Gras, L.; Schaapveld, M.; Kramers, J.; Mooij, S.; Neefjes-Borst, E.A.; Pelt, W. van & Neefjes, J. (2018), Increased colon cancer risk after severe Salmonella infection, PLoS ONE 13(1).
- Mulder, M.P.C.; Merkx, R.; Witting, K.F.; Hameed, D.S.; Atmioui, D. el; Lelieveld, L.; Liebelt, F.; Neefjes, J.; Berlin, I.; Vertegaal, A.C.O. & Ovaa, H. (2018), Total Chemical Synthesis of SUMO and SUMO-Based Probes for Profiling the Activity of SUMO-Specific Proteases, Angewandte Chemie International Edition 57(29): 8958-8962.
- Verweij, F.J.; Bebelman, M.P.; Jimenez, C.R.; Garcia-Vallejo, J.J.; Janssen, H.; Neefjes, J.; Knol, J.C.; Goeij-de Haas, R. de; Piersma, S.R.; Baglio, S.R.; Verhage, M.; Middeldorp, J.M.; Zomer, A.; Rheenen, J. van; Coppolino, M.G.; Hurbain, I.; Raposo, G.; Smit, M.J.; Toonen, R.F.G.; Niel, G. van & Pegtel, D.M. (2018), Quantifying exosome secretion from single cells reveals a modulatory role for GPCR signaling, Journal of Cell Biology 217(3): 1129-1142.
- Distefano, M.B.; Haugen, L.H.; Wang, Y.; Perdreau-Dahl, H.; Kjos, I.; Jia, D.; Morth, J.P.; Neefjes, J.; Bakke, O. & Progida, C. (2018), TBC1D5 controls the GTPase cycle of Rab7b, Journal of Cell Science 131(17).
- Kasteren, S.I. van; Neefjes, J. & Ovaa, H. (2018), Creating molecules that modulate immune responses, Nature Reviews Chemistry 2(8): 184-193.
- Luimstra, J.J.; Garstka, M.A.; Roex, M.C.J.; Redeker, A.; Janssen, G.M.C.; Veelen, P.A. van; Arens, R.; Falkenburg, J.H.F.; Neefjes, J. & Ovaa, H. (2018), A flexible MHC class I multimer loading system for large-scale detection of antigen-specific T cells, Journal of Experimental Medicine 215(5): 1493-1504.
- Schunselaar, L.M.; Quispel-Janssen, J.M.M.F.; Kim, Y.; Alifrangis, C.; Zwart, W.; Baas, P. & Neefjes, J. (2018), Chemical Profiling of Primary Mesothelioma Cultures Defines Subtypes with Different Expression Profiles and Clinical Responses, Clinical Cancer Research 24(7): 1761-1770.
- Cabukusta, B. & Neefjes, J. (2018), Mechanisms of lysosomal positioning and movement, Traffic 19(10): 761-769.
- Schunselaar, L.M.; Monkhorst, K.; Noort, V. van der; Wijdeven, R.; Peters, D.; Zwart, W.; Neefjes, J. & Baas, P. (2018), Trophoblast Glycoprotein is Associated With a Favorable Outcome for Mesothelioma and a Target for Antibody Drug Conjugates, Journal of Thoracic Oncology 13(10): 1577-1587.
- Elsland, D.M. van; Pujals, S.; Bakkum, T.; Bos, E.; Oikonomeas-Koppasis, N.; Berlin, I.; Neefjes, J.; Meijer, A.H.; Koster, A.J.; Albertazzi, L. & Kasteren, S.I. van (2018), Ultrastructural Imaging of Salmonella-Host Interactions Using Super-resolution Correlative Light-Electron Microscopy of Bioorthogonal Pathogens, ChemBioChem 19(16): 1766-1770.
- Wijdeven, R.H.; Luijn, M.M. van; Wierenga-Wolf, A.F.; Akkermans, J.J.; Elsen, P.J. van den; Hintzen, R.Q. & Neefjes, J. (2018), Chemical and genetic control of IFN gamma-induced MHCII expression, EMBO Reports 19(9).
- Elsland, D. van & Neefjes, J. (2018), Bacterial infections and cancer, EMBO Reports 19(11).
- Lamers, M.; Berlin, I. & Neefjes, J. (2018), Antigen Presentation: Visualizing the MHC Class I Peptide-Loading Bottleneck, Current Biology 28(2): R83-R86.
- Bakker, J.; Spits, M.; Neefjes, J. & Berlin, I. (2017), The EGFR odyssey - from activation to destruction in space and time, Journal of Cell Science 130(24): 4087-4096.
- Neefjes, J.; Jongsma, M.M.L. & Berlin, I. (2017), Stop or Go? Endosome Positioning in the Establishment of Compartment Architecture, Dynamics, and Function, Trends in Cell Biology 27(8): 580-594.
- Dohmen, A.J.C.; Qiao, X.H.; Duursma, A.; Wijdeven, R.H.; Lieftink, C.; Hageman, F.; Morris, B.; Halonen, P.; Vens, C.; Brekel, M.W.M. van den; Ovaa, H.; Neefjes, J. & Zuur, C.L. (2017), Identification of a novel ATM inhibitor with cancer cell specific radiosensitization activity, Oncotarget 8(43): 73925-73937.
- Bonifacino, J.S. & Neefjes, J. (2017), Moving and positioning the endolysosomal system, Current Opinion in Cell Biology 47: 1-8.
- Gagnaire, A.; Nadel, B.; Raoult, D.; Neefjes, J. & Gorvel, J.P. (2017), Collateral damage: insights into bacterial mechanisms that predispose host cells to cancer, Nature Reviews Microbiology 15(2): 109-128.
- Mulder, M.P.C.; Witting, K.; Berlin, I.; Pruneda, J.N.; Wu, K.P.; Chang, J.G.; Merkx, R.; Bialas, J.; Groettrup, M.; Vertegaal, A.C.O.; Schulman, B.A.; Komander, D.; Neefjes, J.; Oualid, F. el & Ovaa, H. (2016), A cascading activity-based probe sequentially targets E1-E2-E3 ubiquitin enzymes, Nature Chemical Biology 12(7): 523-+.
- Wijdeven, R.H.; Janssen, H.; Nahidiazar, L.; Janssen, L.; Jalink, K.; Berlin, I. & Neefjes, J. (2016), Cholesterol and ORP1L-mediated ER contact sites control autophagosome transport and fusion with the endocytic pathway, Nature Communications 7.
- Spits, M. & Neefjes, J. (2016), Immunoproteasomes and immunotherapy-a smoking gun for lung cancer?, Journal of thoracic disease 8(7): E558-E563.
- Wijdeven, R.H.; Pang, B.X.; Assaraf, Y.G. & Neefjes, J. (2016), Old drugs, novel ways out: Drug resistance toward cytotoxic chemotherapeutics, Drug Resistance Updates 28: 65-81.
- Stolze, S.C.; Liu, N.; Wijdeven, R.H.; Tuin, A.W.; Nieuwendijk, A.M.C.H. van den; Florea, B.I.; Stelt, M. van der; Marel, G.A. van der; Neefjes, J.J. & Overkleeft, H.S. (2016), Photo-crosslinking of clinically relevant kinases using H89-derived photo-affinity probes, Molecular BioSystems 12(6): 1809-1817.
- Rock, K.L.; Reits, E. & Neefjes, J. (2016), Present Yourself! By MHC Class I and MHC Class II Molecules, Trends in Immunology 37(11): 724-737.
- Unanue, E.R.; Turk, V.; Neefjes, J.; Littman, D.R. & Yokoyama, W.M. (2016), Variations in MHC Class II Antigen Processing and Presentation in Health and Disease, Annual Review of Immunology 34: 265-297.
- Jongsma, M.L.M.; Berlin, I.; Wijdeven, R.H.M.; Janssen, L.; Janssen, G.M.C.; Garstka, M.A.; Janssen, H.; Mensink, M.; Veelen, P.A. van; Spaapen, R.M. & Neefjes, J. (2016), An ER-Associated Pathway Defines Endosomal Architecture for Controlled Cargo Transport, Cell 166(1): 152-166.
- Garstka, M.A.; Fish, A.; Celie, P.H.N.; Joosten, R.P.; Janssen, G.M.C.; Berlin, I.; Hoppes, R.; Stadnik, M.; Janssen, L.; Ovaa, H.; Veelen, P.A. van; Perrakis, A. & Neefjes, J. (2015), The first step of peptide selection in antigen presentation by MHC class I molecules, Proceedings of the National Academy of Sciences 112(5): 1505-1510.
- Spaapen, R.M.; Blomen, V.; Veelen, P.A. van; Jongsma, M.L.; Schrikkema, B.; Heijden, T. van der; Janssen, L.; Janssen, G.M.C.; Raaben, M.; Schumacher, T.; Brummelkamp, T.R. & Neefjes, J. (2015), Identification of novel essential regulators in the MHC class I network, Molecular Immunology 68(2): 143-143.
- Kasteren S.I. van, Overkleeft H.S., Ovaa H. & Neefjes J.J.C. (2014), Chemical biology of antigen presentation by MHC molecules, Current Opinion in Immunology 26: 21-31.
- Ekkebus R., Kasteren S.I. van, Kulathu Y., Scholten A., Berlin I., Geurink P.P., Jong A. de, Goerdayal S., Neefjes J.J.C., Heck A.J.R., Komander D. & Ovaa H. (2013), On Terminal Alkynes That Can React with Active-Site Cysteine Nucleophiles in Proteases, Journal of the American Chemical Society 135(8): 2867-2870.
- Kessler J.H., Khan S., Seifert U., Le Gall S., Chow K.M., Paschen A., Bres-Vloemans S.A., De Ru A., Van Montfoort N., Franken K.L.M.C., Benckhuijsen W.E., Brooks J.M., Van Hall T., Ray K., Mulder A., Doxiadis I.I.N., Van Swieten P.F., Overkleeft H.S., Prat A., Tomkinson B., Neefjes J., Kloetzel P.M., Rodgers D.W., Hersh L.B., Drijfhout J.W., Van Veelen P.A., Ossendorp F. & Melief C.J.M. (2011), Antigen processing by nardilysin and thimet oligopeptidase generates cytotoxic T cell epitopes, Nature Immunology 12(1): 45-53.
- Kuijl C., Tuin A.W., Overkleeft H.S. & Neefjes J.J.C. (2008), Reciprocal chemical genetics for swift lead and target identification, Molecular Biosystems 4(10): 1001-1008.
- Koppers-Lalic D, Verweij MC, Lipinska AD, Wang Y, Quinten E, Reits EA, Koch J, Loch S, Rezende MM, Daus F, Bienkowska-Szewczyk K, Osterrieder N, Mettenleiter TC, Heemskerk MHM, Tampe R, Neefjes JJ, Chowdhury SI, Ressing ME, Rijsewijk FAM & Wiertz EJHJ (2008), Varicellovirus UL49.5 proteins differentially affect the function of the transporter associated with antigen processing, TAP, PLoS Pathogens 4(5).
- Kuijl C., Savage N.D.L., Marsman M., Tuin A.W., Janssen L., Egan D.A., Ketema M., Nieuwendijk A.M.C.H. van den, Eeden S.J.F. van den, Geluk A., Poot A., Marel G.A. van der, Beijersbergen R.L., Overkleeft H.S., Ottenhoff T.H.M. & Neefjes J.J. (2007), Intracellular bacterial growth is controlled by a kinase network around PKB/AKT1, Nature 450: 725-730.
- Berkers C.R., Leeuwen F.W. van, Groothuis T.A., Peperzak V., Tilburg E.W. van, Borst J., Neefjes J.J.C. & Ovaa H. (2007), Profiling proteasome activity in tissue with fluorescent probes, Molecular Pharmaceutics 4(5): 739-748.
- Kuijl C, Savage NDL, Marsman M, Tuin AW, Janssen L, Egan DA, Ketema M, van den Nieuwendijk R, van den Eeden SJF, Geluk A, Poot A, van der Marel G, Beijersbergen RL, Overkleeft H, Ottenhoff THM & Neefjes J (2007), Intracellular bacterial growth is controlled by a kinase network around PKB/AKT1, Nature 450(7170).
- Hislop AD, Ressing ME, van Leeuwen D, Pudney VA, Horst D, Koppers-Lalic D, Croft NP, Neefjes JJ, Rickinson AB & Wiertz EJHJ (2007), A CD8(+) T cell immune evasion protein specific to Epstein-Barr virus and its close relatives in Old World primates, Journal of Experimental Medicine 204(8).
- Herberts CA, Neijssen JJ, de Haan J, Janssen L, Drijfhout JW, Reits EA & Neefjes JJ (2006), Cutting edge: HLA-B27 acquires many N-terminal dibasic peptides: Coupling cytosolic peptide stability to antigen presentation, Journal of Immunology 176(5).
- Reits EA, Hodge JW, Herberts CA, Groothuis TA, Chakraborty M, Wansley EK, Camphausen K, Luiten RM, de Ru AH, Neijssen J, Griekspoor A, Mesman E, Verreck FA, Spits H, Schlom J, van Veelen P & Neefjes JJ (2006), Radiation modulates the peptide repertoire, enhances MHC class I expression, and induces successful antitumor immunotherapy, Journal of Experimental Medicine 203(5).
- Koppers-Lalic D, Reits EAJ, Ressing ME, Lipinska AD, Abele R, Koch J, Rezende MM, Admiraal P, van Leeuwen D, Bienkowska-Szewczyk K, Mettenleiter TC, Rijsewijk FAM, Tampe R, Neefjes J & Wiertz EJHJ (2005), Varicelloviruses avoid T cell recognition by UL49.5-mediated inactivation of the transporter associated with antigen processing, Proceedings of the National Academy of Sciences 102(14).
- Kuipers HF, Biesta PJ, Groothuis TA, Neefjes JJ, Mommaas AM & van den Elsen PJ (2005), Statins affect cell-surface expression of major histocompatibility complex class II molecules by disrupting cholesterol-containing Microdomains, Human Immunology 66(6).
- Neijssen J, Herberts C, Drijfhout JW, Reits E, Janssen L & Neefjes J (2005), Cross-presentation by intercellular peptide transfer through gap junctions, Nature 434(7029).
- Reits E, Neijssen J, Herberts C, Benckhuijsen W, Janssen L, Drijfhout JW & Neefjes J (2004), A major role for TPPII in trimming proteasomal degradation products for MHC class I antigen presentation, Immunity 20(4).
- Reits E, Griekspoor A, Neijssen J, Groothuis T, Jalink K, van Veelen P, Janssen H, Calafat J, Drijfhout JW & Neefjes J (2003), Peptide diffusion, protection, and degradation in nuclear and cytoplasmic compartments before antigen presentation by MHC class I, Immunity 18(1).
- Ressing ME, van Leeuwen D, Verreck FAW, Gomez R, Heemskerk B, Toebes M, Mullen MM, Jardetzky TS, Longnecker R, Schilham MW, Ottenhoff THM, Neefjes J, Schumacher TN, Hutt-Fletcher LM & Wiertz EJHJ (2003), Interference with T cell receptor-HLA-DR interactions by Epstein-Barr virus gp42 results in reduced T helper cell recognition, Proceedings of the National Academy of Sciences 100(20).
- Koppers-Lalic D, Rychlowski M, van Leeuwen D, Rijsewijk FAM, Ressing ME, Neefjes JJ, Bienkowska-Szewczyk K & Wiertz EJHJ (2003), Bovine herpesvirus 1 interferes with TAP-dependent peptide transport and intracellular trafficking of MHC class I molecules in human cells, Archives of Virology 148(10).
- Koppers-Lalic D, Rijsewijk FAM, Verschuren SBE, van Gaans-van den Brink JAM, Neisig A, Ressing ME, Neefjes J & Wiertz EJHJ (2001), The UL41-encoded virion host shutoff (vhs) protein and vhs-independent mechanisms are responsible for down-regulation of MHC class I molecules by bovine herpesvirus 1, Journal of General Virology 82.
- Schuller S, Neefjes J, Ottenhoff T, Thole J & Young D (2001), Coronin is involved in uptake of Mycobacterium bovis BCG in human macrophages but not in phagosome maintenance, Cellular Microbiology 3(12).
- van Ham M, van Lith M, Lillemeier B, Tjin E, Gruneberg U, Rahman D, Pastoors L, van Meijgaarden K, Roucard C, Trowsdale J, Ottenhoff T, Pappin D & Neefjes J (2000), Modulation of the major histocompatibility complex class II-associated peptide repertoire by human histocompatibility leukocyte antigen (HLA)-DO.
- Beekman NJ, van Veelen PA, van Hall T, Neisig A, Sijts A, Camps M, Kloetzel PM, Neefjes JJ, Melief CJ & Ossendorp F (2000), Abrogation of CTL epitope processing by single amino acid substitution flanking the C-terminal proteasome cleavage site.
- Singh-Jasuja H, Toes REM, Spee P, Munz C, Hilf N, Schoenberger SP, Ricciardi-Castagnoli P, Neefjes J, Rammensee HG, Arnold-Schild D & Schild H (2000), Cross-presentation of glycoprotein 96-associated antigens on major histocompatibility complex class I molecules requires receptor-mediated endocytosis.
- Aandeelhouder
- Bestuurslid
- lid WAR. Beoordeling aanvragen Huntington
- Evaluatie ingediende projecten