Marnix Medema
Assistent professor
- Naam
- Dr. M.H. Medema
- Telefoon
- +31 71 527 5672
- m.h.medema@biology.leidenuniv.nl
Voor meer informatie, zie de Engelse versie.
Nieuws
-
Software die de analyse van bacterie-genomen veel eenvoudiger maakt -
Slapende antibiotica wakker maken met ERC Advanced beurs -
Deze elf Leidse bètaonderzoekers behoren tot de meest geciteerden ter wereld -
Kunstmatige intelligentie helpt zoeken naar nieuwe antibiotica -
IBL coördineert project voor nieuwe medicijnen uit biodiversiteit van de zee
-
Marnix Medema nieuwe gasthoogleraar Van der Klauw-leerstoel
Assistent professor
- Wiskunde en Natuurwetenschappen
- Instituut Biologie Leiden
- IBL Microbial Sciences
- Guerrero Egio G., Pintado A., Bretscher K.M., Arias-Giraldo L.M., Paulson J.N., Spaink H.P., Claessen D., Ramos C., Cazorla F.M., Medema M.H., Raaijmakers J.M. & Carrion Bravo V.J. (2024), bacLIFE: a user-friendly computational workflow for genome analysis and prediction of lifestyle-associated genes in bacteria, Nature Communications 15: 2072.
- Machushynets V., Al Ayed K., Terlouw R., Du C., Buijs P., Willemse J., Elsayed S., Schill J., Trebosc V.: Pieren M., Alexander F.M., Cochrane S.A., Liles M.R., Medema M.H., Martin N.I. & Wezel G.P. van (2024), Discovery and derivatization of tridecaptin antibiotics with altered host specificity and enhanced bioactivity, ACS Chemical Biology 19(5): 1106-1115.
- Augustijn H.E., Karapliafis D., Joosten K.M.M., Rigali S, Wezel G.P. van & Medema M.H. (2024), LogoMotif: a comprehensive database of transcription factor binding site profiles in actinobacteria, Journal of Molecular Biology 436(17): 168558.
- Bergeijk D.A. van, Augustijn H.E., Elsayed S.S.M.A., Willemse J.J., Carrion Bavo V.J., Du C., Urem M., Grigoreva L.V., Cheprasov M.Y., Grigoriev S., Jansen H., Wintermans B., Budding A.E., Spaink H.P., Medema M.H. & Wezel G.P. van (2024), Taxonomic and metabolic diversity of Actinomycetota isolated from faeces of a 28,000‐year‐old mammoth, Environmental Microbiology 26(2): e16589.
- Mullowney M.W., Duncan K.R., Elsayed S.S., Garg N., Hooft J.J.J. van der, Martin N.I., Meijer D., Terlouw B.R., Biermann F., Blin K., Durairaj J., Gorostiola González M., Helfrich E.J.N., Huber F., Leopold-Messer S., Rajan K., Rond T. de, Santen J.A. van, Sorokina M., Balunas M.J., Beniddir M.A., Bergeijk D.A. van, Carroll L.M., Clark C.M., Clevert D.A., Dejong C.A., Du C., Ferrinho S., Grisoni F., Hofstetter A., Jespers W., Kalinina O.V., Kautsar S.A., Kim H., Leao T.F., Masschelein J., Rees E.R., Reher R., Reker D., Schwaller P., Segler M., Skinnider M.A., Walker A.S., Willighagen E.L., Zdrazil B., Ziemert N., Goss R.J.M., Guyomard P., Volkamer A., Gerwick W.H., Kim H.U., Müller R., Wezel G.P. van, Westen G.J.P. van, Hirsch A.K.H., Linington R.G., Robinson S.L. & Medema M.H. (2023), Artificial intelligence for natural product drug discovery, Nature Reviews Drug Discovery 22: 895-916.
- Terlouw B.R., Blin K., Navarr-Munoz J.C., Avalon N.E., Chevrette M.G., Egbert S., Lee S., Meijer D., Recchia M.J.J., Reitz Z.L., Santen J.A. van, Selem-Mojica N., Torring T., Zaroubi L., Alaniary M., Aleti G., Aguilar C., Al-Salihi S.A.A., Augustijn H.E., Avalar-Rivas J.A., Avitia Dominguez L.A., Barona Gomez F., Bernaldo-Agüero J., Bielinski V.A., Biermann F., Booth T.J., Carrion Bravo V.J., Castelo-Branco R., Chagas F.O., Cruz-Moreles P., Du C., Duncan K.R., Gavriilidou A., Gayrard D., Gutiérez-Garcia K., Haslinger K., Helfrich E.J.N., Hooft J.J.J. van der, Jati A.P., Kalkreuter E., Kalyvas N., Kang K.B., Kautsar S., Kim. W., Kunjapur A.M., Li Y.X., Lin G., Loureiro C., Louwen J.J.R., Louwen N.L.L., Lung G., Parra J., Philmus B., Purmohsenin B., Prong L.J.U., Rego A., Rex D.A.B., Robinson S., Rosas Becerra L.R., Roxborough E.T., Schorn M.A., Scobie D.J., Singh K.S., Sokolova N., Tang X., Udwary D., Vigneshwari A., Vind K., Vromans S.P.J.M., Waschulin V., Williams S.E., Winter J.M., Witte T.E., Xie H., Yang D., Yu J., Zdouc M., Zhong Z., Collemare J., Linington R.G., Weber T. & Medema M.H. (2023), MIBiG 3.0: a community-driven effort to annotate experimentally validated biosynthetic gene clusters, Nucleic Acids Research 51(D1): D603-D610.
- Liu Y., Jarman B., Low Y.S., Augustijn H.E., Huang S., Chen H, DeFeo M.E., Sekiba K., Hou B., Meng X., Weakley A.M., Cabrera A.V., Zhou Z., Wezel G.P. van, Medema M.H., Ganesan C., Pao A.C., Gombar S. & Dodd D. (2023), A widely distributed gene cluster compensates for uricase loss in hominids, Cell 186(16): 3400-3413 (e20).
- Blin K., Shaw S., Augustijn H.E., Reitz Z.L., Biermann F., Alanjary M., Fetter A., Terlouw B.R., Metcalf W.W., Helfrich E.J.N., Wezel G.P. van & Medema M.H. Weber T. (2023), antiSMASH 7.0: new and improved predictions for detection, regulation, chemical structures and visualisation, Nucleic Acids Research 51(W1): W46–W50.
- Zdouc M., Bayona Maldonado L.M., Augustijn H., Soldatou S., Jonge N. de, Jaspars M., Wezel G.P. van, Medema M.H. & Hooft J.J.J. van der (2023), FERMO v.0.8.11. Zenodo (versie 0.8.11). Zenodo. [software].
- Augustijn H.E. & Medema M.H. (2022), Freedom of expression: A synthetic route to metabolites, Cell 185(9): 1449-1451.
- Oyserman B.O., Flores S.S., Griffioen T., Pan X., Wijk E. van der, Pronk L., Lokhorst W., Nurfikari A., Paulson J.N., Movassagh M., Stopnisek N., Kupczok A., Cordovez V., Carrión V.J., Ligterink W., Snoek B.L., Medema M.H. & Raaijmakers J.M. (2022), Disentangling the genetic basis of rhizosphere microbiome assembly in tomato, Nature Communications 13: 3228.
- Kloosterman A.M., Medema M.H. & Wezel G.P. van (2021), Omics-based strategies to discover novel classes of RiPP natural products, Current Opinion in Biotechnology 69: 60-67.
- Blin K., Shaw S., Kloosterman A.M., Charlop-Powers Z., Wezel G.P. van, Medema M.H. & Tilmann W. (2021), antiSMASH 6.0: improving cluster detection and comparison capabilities, Nucleic Acids Research 49(W1): W29-W35.
- Scientific Advisory Board member
- Assistant Professor