Marnix Medema nieuwe gasthoogleraar Van der Klauw-leerstoel
Het Instituut Biologie Leiden is per 1 mei een gasthoogleraar rijker: bioinformaticus Marnix Medema bekleedt een jaar lang de Van der Klaauw-leerstoel. Hij kijkt uit naar samenwerking en wil het bioinformatica-onderwijs een boost geven.
De kennismaking met Marnix Medema verloopt via Skype. Momenteel werkt hij vanuit huis, maar gelukkig kan hij veel van zijn werkzaamheden op afstand doen. Per 1 mei geeft hij een jaar lang invulling aan de Van der Klaauw-leerstoel bij het Instituut Biologie Leiden (IBL). Bekleders van de leerstoel brengen inspirerend onderzoek en onderwijs in theoretische biologie naar de Universiteit Leiden. Medema volgt Vera van Noort op, die van 2015 tot 2016 de leerstoel bekleedde (zie kader).
Moleculen voorspellen
Medema kreeg naar eigen zeggen ‘lol in programmeren’ tijdens zijn studie moleculaire biologie. Sinds 2015 leidt hij een onderzoeksgroep bij Wageningen University & Research (WUR). ‘We voorspellen welke moleculen een bacterie, schimmel of plant kan produceren. Dat doen we op basis het genoom, dus het complete DNA van een organisme’, aldus Medema. Een voorbeeld van zijn werk stond eind 2019 in Science. Hij werkte in die studie onder meer samen met onderzoekers uit Leiden. ‘In het paper tonen we aan dat bepaalde bacteriesoorten in de grond samenwerken om planten te beschermen tegen schimmels. Met behulp van data-analysetechnieken hebben we onderzocht welke bacteriën de plant beschermen en welke genen daarbij betrokken zijn.’
Chemie en microbiologie samen
Met het gasthoogleraarschap heeft Medema drie doelen voor ogen. Allereerst wil hij de wetenschappelijke samenwerking met het IBL verder versterken. Medema noemt als voorbeelden het Leidse onderzoek naar nieuwe antibiotica en studies naar interacties tussen micro-organismen en plant, dier en mens.
‘Bioinformatica plus experimenteel werk kan veel moois opleveren’
‘Wat ik heel sterk van het IBL vind, is dat zowel de chemie als de (micro)biologie vertegenwoordigd zijn binnen het instituut.’ Medema wil bestaande samenwerkingen in Leiden verstevigen en nieuwe aangaan. ‘Bioinformatica plus experimenteel werk kan veel moois opleveren.’
Bioinformatica boosten
Medema’s tweede doel is om een bijdrage te leveren aan de verdere ontwikkeling van het Leidse bioinformatica-onderwijs. Bij de WUR heeft hij veel ervaring opgedaan met het opzetten van vakken voor een nieuwe minor Bioinformatica en voor een nieuwe data science track voor master-opleidingen. Die ervaring neemt hij mee om het bioinformatica-curriculum in Leiden een boost te geven. Als laatste doel wil Medema in 2021 een interactief wetenschappelijk symposium organiseren. ‘In het symposium willen we het hebben over integratie van omics-data. Denk aan genomics, proteomics, metabolomics, et cetera. Als de omstandigheden het tegen die tijd toelaten’, voegt hij eraan toe. ‘Anders wordt het een virtuele bijeenkomst.’
Veel kopjes koffie
Vooruitkijkend hoopt Medema dat het gasthoogleraarschap over een jaar een paar mooie gezamenlijke papers heeft opgeleverd. Maar het meest kijkt hij ernaar uit om nieuwe samenwerkingen aan te gaan: ‘Dat wordt in de eerste periode veel kopjes koffie drinken met mensen, of online meetings afhankelijk van hoe het loopt.’
Over de Van der Klaauw-leerstoel
De wisselende Van der Klaauw-leerstoel is genoemd naar de zoöloog Cornelis Jakob van der Klaauw (1893-1972). Van der Klaauw studeerde in Leiden biologie en bracht het er tot toonaangevend hoogleraar. Hij had een grote belangstelling voor theoretische biologie en wist zijn studenten er ook voor te interesseren. Hij was onder andere verantwoordelijk voor het instellen van een leerstoel in de theoretische biologie in Leiden.
De laatste keer dat de leerstoel werd bekleed, was in 2015-2016 door Vera van Noort, nu hoogleraar Computationele biologie bij KU Leuven en het Instituut Biologie Leiden. Zij heeft de bekendheid met bioinformatica onder studenten een grote impuls gegeven tijdens haar gasthoogleraarschap. Dat heeft onder andere geresulteerd in meer aandacht voor bioinformatica in onderzoek en onderwijs, en tot meer studenten geleid die hun afstudeerwerk in bioinformatica doen.