In het Leiden Bio Science Park werkt de Universiteit Leiden samen met het bedrijfsleven, het LUMC en de gemeente Leiden. Het bloeiende bedrijvenpark omvat ongeveer 170 bedrijven en instellingen, waarvan ruim 90 life sciences-bedrijven. Veel bedrijven en wetenschappers in het Leiden Bio Science Park houden zich bezig met medicijnontwikkeling. Regelmatig gaan Leidse alumni aan het werk op het park. De oprichters en CEO’s van een aantal bedrijven hebben gestudeerd of zijn gepromoveerd aan de Universiteit Leiden. Bekijk ook de uitgelichte samenwerkingen in het Bio Science Park. 
Website Leiden Bio Science Park

De provincie Zuid-Holland, een van de meest dynamische en kennisintensieve regio's van Europa, vormt de fysieke thuisbasis van Universiteit Leiden, de Technische Universiteit Delft en de Erasmus Universiteit Rotterdam. Samen met bedrijven, andere kennisinstellingen en overheden maken we van Zuid-Holland een sterk kenniscluster en dragen we bij aan de economische en maatschappelijke ontwikkeling van de regio.
Website Leiden-Delft-Erasmus Universities

Medical Delta is het Delfts-Leids-Rotterdamse consortium voor innovatie in gezondheid en medische technologie. Partners hierin zijn niet alleen de universiteiten en hun Medische Centra in Leiden, Delft en Rotterdam, maar ook Science Parks, incubatoren, bedrijven en lokale en regionale overheden. Medical Delta is door de EU erkend als Region of Knowledge en maakt deel uit van het prestigieuze Europese consortium HealthTIES.
Website Medical Delta

In 2021 zal ruimteonderzoeksinstituut SRON van Utrecht naar Zuid-Holland verhuizen en vormt hiermee een cluster voor ruimteonderzoek in Zuid-Holland. SRON zal de bestaande samenwerkingen met Universiteit Leiden en TU Delft verder uitbouwen. Het instituut zal zich vestigen op de Science Campus, naast het Huygens.
Website SRON

Het Leiden Complex Networks Network is een samenwerking van de instituten LIACS, MI en LION met het LUMC en het Lorentz Center over complexe netwerken.
Website LCN2

Samen met TNO zijn de Universiteit Leiden en het Leids Universitair Medisch Centrum (LUMC) betrokken bij het Centre for Medical Systems Biology. 
Website Centre for Medical Systems Biology

Universiteit Leiden is partner van het Netherlands Centre for One Health (NCOH). Dit initiatief brengt vooraanstaande academische onderzoeksinstituten in Nederland samen in een open innovatienetwerk dat inspeelt op het thema: One Health. Het doel is een geïntegreerde aanpak van de wereldwijde risico’s van infectie ziekten en duurzame oplossingen voor grote maatschappelijke uitdagingen op het gebied van dier- en volksgezondheid, gezonde wilde fauna en ecosystemen.
Prof. dr. Gilles van Wezel is mede-directeur van Tackling Antimicrobial Resistance (AMR) binnen het NCOH en lid van de executive board. NCOH-AMR vormt de basis voor een kwalitatief hoogwaardig consortium met topexpertise op het gebied van antibioticaresistentie. NCOH-AMR bundelt de expertise van Nederlandse kennisinstellingen om gezamenlijk oplossingen te creëren voor het urgente probleem van antibioticaresistentie. Prof. dr. Geert de Snoo is lid van de raad van bestuur.
Website NCOH

Universiteit Leiden maakt onderdeel uit van de Nederlandse Onderzoekschool voor Astronomie (NOVA), de instelling die het sterrenkundig onderzoek coördineert en stimuleert in Nederland. Naast Leiden bundelt NOVA de krachten van astronomen aan de universiteiten van Amsterdam (UvA), Groningen (RUG) en Nijmegen (RU).
Website NOVA

De faculteit is betrokken bij het CLAIRE-initiatief, wat staat voor Confederation of Laboratories for Artificial Intelligence Research in Europe. CLAIRE is een initiatief van de Europese AI-gemeenschap en is mede opgericht door Leidse hoogleraar Machine learning Holger Hoos. Het initiatief heeft als doel de Europese uitmuntendheid in AI-onderzoek en -innovatie te versterken. Om dit te bereiken stelt CLAIRE een centrale Europese AI-kenniscentrum voor, dat vergelijkbaar is met CERN.
Website CLAIRE

Casimir Research School is een gezamenlijke onderzoekschool in interdisciplinaire natuurkunde van de Universiteit Leiden en de Technische Universiteit Delft. Het onderzoeksprogramma van de school is ontwikkeld door groepen van het Kavli Instituut voor Nanowetenschappen in Delft en het Leids Instituut voor Onderzoek in de Natuurkunde (LION). 
Website Casimir Research School

De Nederlandse Onderzoekschool voor Theoretische Fysica (DRSTP) is opgericht in 1993 en is een samenwerking tussen de theoretische natuurkundegroepen van zes Nederlandse universiteiten, namelijk Amsterdam (UvA en VU), Groningen, Leiden, Nijmegen en Utrecht, en het Nationaal instituut voor subatomaire fysica (Nikhef). De onderzoekschool is in 2017 beoordeeld als excellent (link naar NL bericht).
Website DRSTP

Het NIOK is een virtueel instituut dat bestaat uit Nederlandse universitaire groepen die actief zijn op alle fronten van de katalyse. Het is een landelijke graduate school die de vooruitgang van zowel het hoger onderwijs als het onderzoek bevordert, en de samenwerking tussen wetenschappers van verschillende disciplines en universiteiten stimuleert.
Website NIOK

De Holland Research School of Molecular Chemistry is een consortium van vier Nederlandse universiteiten: de Universiteit van Amsterdam (UvA), de VU Amsterdam (VU), de Universiteit Leiden (UL) en de Radboud Universiteit (RU). De HRSMC-onderzoekschool richt zich vooral op het creëren van de juiste voorwaarden voor een succesvolle samenwerking tussen de deelnemende onderzoeksgroepen en het aanbieden van een uitgebreid trainingsprogramma voor promovendi. De onderwerpen omvatten het hele spectrum van moleculaire chemie: van anorganische, organische, fysische en theoretische chemie tot kristallografie en massaspectrometrie.
Website HRSMC

De Advanced School for Computing and Imaging is een Nederlandse graduate school die bestaat uit de universiteiten van Delft, Amsterdam (VU en UvA), Leiden en Utrecht. Het onderzoek in ASCI is gericht op twee hoofdthema's: Computersystemen en Imaging Systems.
Website ASCI

Het Institute for Programming research and Algorithmics is gevestigd aan de Technische Universiteit Eindhoven. Het hoofddoel van de onderzoekschool is het opleiden van onderzoekers op het gebied van programmeeronderzoek en algoritmiek. Het IPA bestaat uit 9 Nederlandse universiteiten en het Centrum Wiskunde en Informatica (CWI).
Website IPA

De Graduate School Experimental Plant Sciences (EPS) is een gezamenlijke onderzoeks- en onderwijsinstelling van Wageningen, Nijmegen, Amsterdam (VU en UvA), Leiden, Utrecht en Groningen. De missie van EPS is het opleiden van promovendi en postdocs tot zelfstandige onderzoekers op het gebied van basis- en strategisch onderzoek naar gezonde planten, of planten die door biotische of abiotische factoren zijn aangetast. 
Website EPS

SENSE is een joint venture voor geïntegreerd en hoogwaardig milieu- en duurzaamheidsonderzoek en multidisciplinaire promotieplekken. Daarnaast vormt het een brug voor duurzame oplossingen op het raakvlak tussen wetenschap en praktijk. SENSE is een samenwerkingsverband tussen negen Nederlandse universiteiten en twee instituten.
Website SENSE