Het secretariaat valt onder het instituut voor Metajuridica, onderdeel van de Faculteit der Rechtsgeleerdheid. De instituutscoördinator geeft leiding aan het secretariaat en de Wetenschappelijk Directeur Metajuridica is eindverantwoordelijk voor het secretariaat. Het secretariaat ondersteunt de medewerkers, de afdelingsvoorzitters en de Wetenschappelijk directeuren (WD), bij het verzorgen van het onderwijs, het onderzoek en impact van het instituut. Het secretariaat geeft handen en voeten aan de implementatie van strategische beleidsbeslissingen en signaleert ontwikkelpunten voor een optimaal beheer van het instituut en haar afdelingen.

Het secretariaat:

• verleent administratieve ondersteuning aan het onderwijs en onderzoek van het instituut; 
• verleent  proactieve (inhoudelijke) ondersteuning aan de beleids- en besluitvorming – en uitvoering van de bedrijfsvoering (financiën, personeel, ICT/digitalisering en huisvesting) binnen het instituut aan de WD/afdelingshoofd, met de focus op de procesgang op het gebied van Personeel en Financiën van het instituut in afstemming met de diverse stafafdelingen van de faculteit/universiteit;
• algemene secretariële en administratieve ondersteuning aan de medewerkers, de afdelingsvoorzitters en de WD van het instituut;
• is het eerste aanspreekpunt voor studenten, interne medewerkers en externen.

Het secretariaat is als volgt onderverdeeld:

• (overkoepelend) Metajuridica
• eLaw
• Encyclopedie
• Moot Court
• Leiden Law Practices (subafdeling Moot Court)
• Rechtsfilosofie
• Rechtsgeschiedenis
• Van Vollenhoven Instituut