Het orgel in het Groot Auditorium van het Academiegebouw wordt sinds 1998 tijdens inloopconcerten en op universitaire hoogtijdagen bespeeld.

Oraties

Met de plaatsing van het Flentroporgel in het Groot Auditorium van de Universiteit Leiden ontstond de mogelijkheid om nog meer cachet te geven aan oraties (een oratie is een rede die een hoogleraar uitspreekt bij het aanvaarden van zijn of haar ambt). Vandaar dat de toenmalig rector magnificus, prof.dr. W.A. Wagenaar, besloot iedere binnenkomst en uittocht van het cortège van hoogleraren met orgelspel te laten omlijsten. De oratie van Cleveringahoogleraar prof.dr. V.W. Sidel op 26 november 1998 werd als eerste met muziek opgeluisterd. 

Afscheidscolleges 

Niet alleen voor oraties, die altijd in het Groot Auditorium plaatsvinden, maar ook voor afscheidscolleges kan het Academiegebouw als decor fungeren. Het protocol voor afscheidscolleges is minder uitgesproken dan het protocol dat voor oraties gevolgd wordt. Bij afscheidscolleges is het geen regel dat het orgel bespeeld wordt, het is een mogelijkheid. Vandaar: soms wel, soms geen organistenbijdrage.

Inloopconcerten 

Om het orgel ook buiten de poorten van de Universiteit Leiden meer bekendheid te geven, ontstond het idee om een aantal concerten te organiseren. Met ingang van het voorjaar van 1999 wordt ieder jaar in de maanden april, mei en juni op woensdagmiddagen tijdens de lunchpauze een Inloopconcert gegeven. Hierbij bespelen organisten uit binnen- en buitenland het Flentroporgel; daarnaast wordt zang en muziek voor andere instrumenten dan orgel ten gehore gebracht. Aankondigingen voor concerten verschijnen in de media en op de universitaire website. 

Leidse Orgeldag 

Stichting Orgelstad Leiden (SOL) organiseert ieder jaar op de eerste zaterdag in juni een orgeltocht door de Leidse binnenstad. Geïnteresseerden krijgen de mogelijkheid om orgelconcerten waarbij Leidse orgels klinken bij te wonen. Sinds 1998 maakt het Flentroporgel van de Universiteit Leiden ook deel uit van de orgels die SOL wil laten horen tijdens de Orgeldag.

Open Monumentendagen

Op de Open Monumentendagen is het Academiegebouw opengesteld publiek en zijn er rondleidingen door het gebouw. De ‘Musici rond het Academie-orgel’ bespelen op zo'n dag het Flentroporgel en bezoekers kunnen het orgel bekijken.