De eerste twee jaar bestaan uit 9 thema’s die zijn georganiseerd rondom patiëntgroepen en veelvoorkomende aandoeningen. Ieder thema start met drie onderwijsweken. Daarna ga je vier weken lang vier dagen in de week aan de slag in de praktijk van de apotheek. Deze farmaceutische coschappen vinden plaats in de openbare, poliklinische of de ziekenhuisapotheek. Een van je farmaceutische coschappen vindt plaats als “apotheek game”. Tijdens de game vorm je samen met een groep studenten een virtuele poliklinische apotheek. Door middel van opdrachten, afhandeling van recepten en casuistiek krijg je de dagelijkse praktijk mee en wordt je beoordeeld. De apotheek met de meeste patiënten aan het eind is de winnaar.

Aan het einde van de achtste week van een thema vindt de eindtoets plaats. Je sluit jaar 2 af met het formuleren van een onderzoeksvoorstel voor het wetenschappelijk project in jaar 3. 

In het derde jaar doe je een wetenschappelijk onderzoek dat je afsluit met een masterscriptie. De vrije keuzeruimte kun je invullen met vakken of stages in Nederland of in het buitenland, die bijdragen aan jouw functioneren als apotheker. De masteropleiding wordt afgesloten met het studie afsluitend coschap waarin je wekelijks vier dagen met meer zelfstandigheid werkt in een openbare, poliklinische of ziekenhuisapotheek