Betere onderzoeksmethode oude menselijke microbiomen
Een internationaal team van onder meer Leidse onderzoekers heeft aangetoond dat er een verfijndere methode is om oude microbiomen te bestuderen. Dat helpt archeologisch onderzoek naar de effecten van Europese kolonisatie in de Caraïben. Publicatie in Nature Scientific Reports op 13 november.
Microbiomen voor een gezond lichaam
Het microbioom is een massa goede bacteriële cellen die in darmen, mond, vagina, neus en op de handen leven. Deze microbiële gemeenschappen zijn betrokken bij fundamentele biologische functies, zoals het metabolisme en het immuunsysteem. Tezamen dragen ze bij aan een gezond lichaam. Verstoringen in en de afname van het microbioom zouden de oorzaak kunnen zijn van het ontstaan van onder meer auto-immuunziekten en kanker.
Betrouwbaarder resultaten
Het onderzoek, waarin ook het Leidse ERC-Synergy-project Nexus1492 van archeologe prof.dr. Corinne Hofman participeerde, laat zien dat de combinatie van targeted amplification en sequencing van de variabele gebieden in het 16S rRNA-gen , een methode die algemeen gebruikt wordt voor reconstrueren van oude microbiomen in archeologisch materiaal als tandsteen, scheve resultaten produceert als die toegepast worden op oud DNA. De onderzoekers kregen betrouwbaarder uitkomst met de shotgun metagenomics-methode.
Effecten Europese kolonisatie ontrafelen
Hofman stelt dat dit onderzoek een cruciale bijdrage levert aan het multidisciplinair onderzoeksproject Nexus1492 dat is gericht op het ontrafelen van de effecten van de Europese kolonisatie van de inheemse bevolking van het Caribisch gebied. ‘Nu we de beste methode hebben gevonden om oude microbiomen te analyseren, kunnen we gaan kijken naar de veranderingen in levensgewoonten in het gebied.
Artikel
Intrinsic challenges in ancient microbiome reconstruction using 16S rRNA gene amplification
Kirsten A. Ziesemer, Allison E. Mann, Krithivasan Sankaranarayanan, Hannes Schroeder, Andrew T. Ozga, Bernd W. Brandt, Egija Zaura, Andrea Waters- Rist, Menno Hoogland, Domingo C. Salazar-García, Mark Aldenderfer, Camilla Speller, Jessica Hendy, Darlene A. Weston, Sandy J. MacDonald, Gavin H. Thomas, Matthew J. Collins, Cecil M. Lewis, Corinne Hofman, Christina Warinner. Nature Scientific Reports 2015; DOI: 10.1038/srep16498. Gepubliceerd 13 November 2015.