Hannah Augustijn
Promovendus
- Naam
- H.E. Augustijn
- Telefoon
- 071 5274791
- h.e.augustijn@biology.leidenuniv.nl
- ORCID iD
- 0000-0002-1862-6699
Mijn project richt zich op de regulatiemechanismen in bacteriën die de productie van bijvoorbeeld antibiotica beïnvloeden. In mijn onderzoek ontwikkel ik computationele programma’s en methoden om deze regulatiemechanismen te bestuderen. Uiteindelijk zal dit helpen bij de ontdekking van nieuwe chemische stoffen, zoals antibiotica.
Promovendus
- Wiskunde en Natuurwetenschappen
- Instituut Biologie Leiden
- IBL Microbial Sciences
Promovendus/gast
- Wiskunde en Natuurwetenschappen
- Instituut Biologie Leiden
- IBL Microbial Sciences
- Augustijn H.E., Roseboom J.M., Medema M.H. & Wezel G.P. van (2024), Harnessing regulatory networks in Actinobacteria for natural product discovery, Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology 51: kuae011.
- Augustijn H.E., Karapliafis D., Joosten K.M.M., Rigali S, Wezel G.P. van & Medema M.H. (2024), LogoMotif: a comprehensive database of transcription factor binding site profiles in actinobacteria, Journal of Molecular Biology 436(17): 168558.
- Bergeijk D.A. van, Augustijn H.E., Elsayed S.S.M.A., Willemse J.J., Carrion Bavo V.J., Du C., Urem M., Grigoreva L.V., Cheprasov M.Y., Grigoriev S., Jansen H., Wintermans B., Budding A.E., Spaink H.P., Medema M.H. & Wezel G.P. van (2024), Taxonomic and metabolic diversity of Actinomycetota isolated from faeces of a 28,000‐year‐old mammoth, Environmental Microbiology 26(2): e16589.
- Zdouc M.M., Blin K., Louwen N.L.L., Navarro J., Loureiro C., Bader C.D., Bailey C.B., Barra L., Booth T.J., Bozhüyük K.A.J., Cediel-Becerra J.D.D., Charlop-Powers Z., Chevrette M.G., Chooi Y.H., D'Agostino P.M., Rond T. de, Del Pup E., Duncan K.R., Gu W., Hanif N., Helfrich E.J.N., Jenner M., Katsuyama Y., Korenskaia A., Krug D., Libis V., Lund G.A., Mantri S., Morgan K.D., Owen C., Phan C.S., Philmus B., Reitz Z.L., Robinson S.L., Singh K.S., Teufel R., Tong Y., Tugizimana F., Ulanova D., Winter J.M., Aguilar C., Akiyama D.Y., Al-Salihi S.A.A., Alanjary M., Alberti F., Aleti G., Alharthi S.A., Rojo M.Y.A., Arishi A.A., Augustijn H.E., Avalon N.E., Avelar-Rivas J.A., Axt K.K., Barbieri H.B., Barbosa J.C.J., Barboza Segato L.G., Barrett S.E., Baunach M., Beemelmanns C., Beqaj D., Berger T., Bernaldo-Agüero J., Bettenbühl S.M., Bielinski V.A., Biermann F., Borges R.M., Borriss R., Breitenbach M., Bretscher K.M., Brigham M.W., Buedenbender L., Bulcock B.W., Cano-Prieto C., Capela J., Carrion V.J., Carter R.S., Castelo-Branco R., Castro-Falcón G., Chagas F.O., Charria-Girón E., Chaudhri A.A., Chaudhry V., Choi H., Choi Y., Choupannejad R., Chromy J., Donahey M.S.C., Collemare J., Connolly J.A., Creamer K.E., Crüsemann M., Cruz A.A., Cumsille A., Dallery J.F., Damas-Ramos L.C., Damiani T., de Kruijff M., Martín B.D., Sala G.D., Dillen J., Doering D.T., Dommaraju S.R., Durusu S., Egbert S., Ellerhorst M., Faussurier B., Fetter A., Feuermann M., Fewer D.P., Foldi J., Frediansyah A, Garza E.A., Gavriilidou A., Gentile A., Gerke J., Gerstmans H., Gomez-Escribano J.P., González-Salazar L.A., Grayson N.E., Greco C., Gomez J.E.G., Guerra S., Flores S.G., Gurevich A., Gutiérrez-García K., Hart L., Haslinger K., He B, Hebra T., Hemmann J.L., Hindra H., Höing L., Holland D.C., Holme J.E., Horch T., Hrab P., Hu J., Huynh T.H., Hwang J.Y., Iacovelli R., Iftime D., Iorio M., Jayachandran S., Jeong E., Jing J., Jung J.J., Kakumu Y., Kalkreuter E., Kang K.B., Kang S., Kim W., Kim G.J., Kim H., Kim H.U., Klapper M., Koetsier R.A., Kollten C., Kovács Á.T., Kriukova Y., Kubach N., Kunjapur A.M., Kushnareva A.K., Kust A., Lamber J., Larralde M., Larsen N.J., Launay A.P., Le N.T., Lebeer S., Lee B.T., Lee K., Lev K.L., Li S.M., Li Y.X., Licona-Cassani C., Lien A., Liu J., Lopez J.A.V., Machushynets N.V., Macias M.I., Mahmud T., Maleckis M., Martinez-Martinez A.M., Mast Y., Maximo M.F., McBride C.M., McLellan R.M., Bhatt K.M., Melkonian C., Merrild A., Metsä-Ketelä M., Mitchell D.A., Müller A.V., Nguyen G.S., Nguyen H.T., Niedermeyer T.H.J., O'Hare J.H., Ossowicki A., Ostash B.O., Otani H., Padva L., Paliyal S., Pan X., Panghal M., Parade D.S., Park J., Parra J., Rubio M.P., Pham H.T., Pidot S.J., Piel J., Pourmohsenin B., Rakhmanov M., Ramesh S., Rasmussen M.H., Rego A., Reher R., Rice A.J., Rigolet A., Romero-Otero A., Rosas-Becerra L.R., Rosiles P.Y., Rutz A., Ryu B., Sahadeo L.A., Saldanha M., Salvi L., Sánchez-Carvajal E., Santos-Medellin C., Sbaraini N., Schoellhorn SM., Schumm C., Sehnal L., Selem N., Shah A.D., Shishido T.K., Sieber S., Silviani V., Singh G., Singh H., Sokolova N., Sonnenschein E.C., Sosio M., Sowa S.T., Steffen K., Stegmann E., Streiff A.B., Strüder A., Surup F., Svenningsen T., Sweeney D., Szenei J., Tagirdzhanov A., Tan B., Tarnowski M.J., Terlouw B.R., Rey T., Thome N.U., Torres Ortega L.R., Tørring T., Trindade M., Truman A.W., Tvilum M., Udwary D.W., Ulbricht C., Vader L., Wezel G.P. van, Walmsley M., Warnasinghe R., Weddeling H.G., Weir A.N.M., Williams K., Williams S.E., Witte T.E., Rocca S.M.W., Yamada K., Yang D., Yang D., Yu J., Zhou Z., Ziemert N., Zimmer L., Zimmermann A., Zimmermann C., Hooft J.J.J. van der, Linington R.G., Weber T. & Medema M.H. (2024), MIBiG 4.0: advancing biosynthetic gene cluster curation through global collaboration, Nucleic Acids Research 52(D1): D678-D690.
- Terlouw B.R., Blin K., Navarr-Munoz J.C., Avalon N.E., Chevrette M.G., Egbert S., Lee S., Meijer D., Recchia M.J.J., Reitz Z.L., Santen J.A. van, Selem-Mojica N., Torring T., Zaroubi L., Alaniary M., Aleti G., Aguilar C., Al-Salihi S.A.A., Augustijn H.E., Avalar-Rivas J.A., Avitia Dominguez L.A., Barona Gomez F., Bernaldo-Agüero J., Bielinski V.A., Biermann F., Booth T.J., Carrion Bravo V.J., Castelo-Branco R., Chagas F.O., Cruz-Moreles P., Du C., Duncan K.R., Gavriilidou A., Gayrard D., Gutiérez-Garcia K., Haslinger K., Helfrich E.J.N., Hooft J.J.J. van der, Jati A.P., Kalkreuter E., Kalyvas N., Kang K.B., Kautsar S., Kim. W., Kunjapur A.M., Li Y.X., Lin G., Loureiro C., Louwen J.J.R., Louwen N.L.L., Lung G., Parra J., Philmus B., Purmohsenin B., Prong L.J.U., Rego A., Rex D.A.B., Robinson S., Rosas Becerra L.R., Roxborough E.T., Schorn M.A., Scobie D.J., Singh K.S., Sokolova N., Tang X., Udwary D., Vigneshwari A., Vind K., Vromans S.P.J.M., Waschulin V., Williams S.E., Winter J.M., Witte T.E., Xie H., Yang D., Yu J., Zdouc M., Zhong Z., Collemare J., Linington R.G., Weber T. & Medema M.H. (2023), MIBiG 3.0: a community-driven effort to annotate experimentally validated biosynthetic gene clusters, Nucleic Acids Research 51(D1): D603-D610.
- Liu Y., Jarman B., Low Y.S., Augustijn H.E., Huang S., Chen H, DeFeo M.E., Sekiba K., Hou B., Meng X., Weakley A.M., Cabrera A.V., Zhou Z., Wezel G.P. van, Medema M.H., Ganesan C., Pao A.C., Gombar S. & Dodd D. (2023), A widely distributed gene cluster compensates for uricase loss in hominids, Cell 186(16): 3400-3413 (e20).
- Blin K., Shaw S., Augustijn H.E., Reitz Z.L., Biermann F., Alanjary M., Fetter A., Terlouw B.R., Metcalf W.W., Helfrich E.J.N., Wezel G.P. van & Medema M.H. Weber T. (2023), antiSMASH 7.0: new and improved predictions for detection, regulation, chemical structures and visualisation, Nucleic Acids Research 51(W1): W46–W50.
- Augustijn H.E. & Medema M.H. (2022), Freedom of expression: A synthetic route to metabolites, Cell 185(9): 1449-1451.