Funding for Further Developing Image Processing Software Elastix
Marius Staring, Associate Professor at the LUMC has been awarded the Chan Zuckerberg Initiative funding for further development of image processing software Elastix
Marius Staring (LUMC) Awarded Prestigious Chan Zuckerberg Initiative Funding
Marius Staring is an associate professor in medical image analysis, working at the Leiden University Medical Center. I lead the Biomedical Machine Learning research line within the Division of Image Processing (LKEB). In my research section we aim to develop generic machine learning approaches for automated image analysis, and to deploy these in the clinical and life-science research at LUMC.
(English translation to follow)
Elastix is wereldwijd een van de meest populaire toolboxen voor medische beeldregistratie, maar nieuwe ontwikkelingen in scientific computing vereisen aanpassingen aan de software en de gebruikersinterface. In een eerdere subsidie van CZI is Elastix veel toegankelijker gemaakt voor nieuwe gebruikers door het beschikbaar te maken in de programmeertaal Python, door veel gebruiksvoorbeelden te geven, en door een community platform te creëren voor het delen van werkende Elastix instellingen. Dit resulteerde in duizenden nieuwe gebruikers en downloads van de software wereldwijd.
Het CZI kent nu 35 nieuwe subsidies toe ter ondersteuning van tools die veel gebruikt worden in biomedische beeldvorming, waaronder Elastix. Staring en collega's gaan samen met dr. Stefan Klein van het Erasmus MC de toegekende 392.000 dollars gebruiken om Elastix eenvoudig te integreren met andere software die populair is in scientific computing en onderhoud te plegen. Een spannende stap zal zijn om Elastix te verbinden met recente AI-initiatieven, met name Project MONAI, een zelflerende medische beeldbank.
Volgens CZI Head of Science dr. Cori Bargmann "vertrouwen wetenschappers over de hele wereld op open source software om hun onderzoek uit te voeren". Dr. Staring merkt op dat normaal gesproken zelfs de meest gebruikte onderzoekssoftware geen specifieke financiering heeft voor continue ontwikkeling, dus het EOSS programma van CZI getuigt van visie en voorziet echt in een behoefte.
Meer informatie over Elastix is te vinden op https://elastix.lumc.nl/.