Promotie
Cleaving like a Pro: Specificity, structure, and function of Pro-Pro endopeptidases
- B. Claushuis
- Datum
- vrijdag 22 november 2024
- Tijd
- Locatie
-
Academiegebouw
Rapenburg 73
2311 GJ Leiden
Promotor(en)
- Prof.dr. M. Wuhrer
- dr. P.J. Hensbergen
- dr. J. Corver
Samenvatting
Een groep bacteriële proteases, de Pro-Pro endopeptidases (PPEPs), hebben de unieke eigenschap om hun substraten tussen twee proline residuen te knippen, maar daarnaast strekt hun specificiteit zich ook uit tot omliggende residuen. Wij hebben een methode ontwikkeld om de specificiteit van PPEPs in detail te bepalen. Hiervoor behandelden wij een speciaal ontwikkelde synthetische combinatorische peptidebibliotheek met PPEPs en analyseerden de gevormde producten met massaspectrometrie. De hierdoor verkregen informatie over de specificiteit werd gelinkt aan de structuren van PPEPs, om zo in detail de processen te beschrijven die belangrijk zijn voor de specificiteit van PPEPs. De nieuw ontwikkelde methode kan in de toekomst worden toegepast om andere PPEPs/proteases te onderzoeken.
Verder is er in detail gekeken naar het eiwit CD1597 uit C. difficile. Dit eiwit lijkt op het eerste oog op een PPEP, maar vertoonde geen proteolytische activiteit in onze experimenten. Er werd in meerdere experimenten gekeken naar de veranderingen in de bacterie na het uitschakelen van het gen voor CD1597. In veel gevallen lijkt de bacterie niet geschaad te worden door het missen van CD1597, maar met een op massaspectrometrie gebaseerde proteomics benadering vonden wij een link met sporulatie.
Tot slot is er een nieuw model opgesteld voor de biosynthetische route voor de productie van het Type A glycaan dat wordt gevonden op de flagellen van C. difficile. Dit model kan in de toekomst worden getoetst en kan helpen in de ontwikkeling van vaccins tegen pathogene bacteriën.
Proefschriften
Ongeveer een week na de promotie zijn proefschriften van Leidse promovendi digitaal beschikbaar via het Leids Repositorium. De proefschriften op deze site zijn vrij toegankelijk. Alleen in sommige gevallen rust er een tijdelijk embargo op een proefschrift en wordt het proefschrift pas later volledig beschikbaar gesteld.
Persvragen (alleen journalisten)
Algemene informatie
Bureau Pedel
pedel@bb.leidenuniv.nl
071 527 7211