PhD defence
Personalized drug repositioning using gene expression
- K.K.M. Koudijs
- Date
- Tuesday 6 June 2023
- Time
- Location
-
Academy Building
Rapenburg 73
2311 GJ Leiden
Supervisor(s)
- Prof.dr. H.J. Guchelaar
- dr. S. Böhringer
Summary
Het inzetten van reeds beschikbare geneesmiddelen voor aandoeningen waar deze geneesmiddelen niet oorspronkelijk voor ontwikkeld waren wordt drug repositioning genoemd. Om dit te onderzoeken hebben we gebruik gemaakt van grote, publiekelijk toegankelijke biomedische databanken met genexpressie data. Genexpressie data geeft informatie over hoe vaak een gen wordt afgelezen en kan daarom gebruikt worden als een proxy voor de activiteit van eiwitten (in het geval voor eiwit-coderende genen). Een populaire drug repositioning methode om nieuwe geneesmiddelen tegen kankersoorten te vinden is om te zoeken naar geneesmiddelen die het abnormale genexpressie patroon van tumorcellen kunnen terugbrengen (‘normaliseren’) naar dat van gezonde cellen. Wij hebben onderzocht of deze methode ook toegepast kan worden op de genexpressie profielen van individuele tumoren, met als einddoel de mogelijkheid om per uitbehandelde patiënt een gepersonaliseerde lijst van potentieel mogelijk werkzame geneesmiddelen te genereren. Aanvankelijk leek deze aanpak succes te hebben maar naarmate het onderzoek vorderde leidde dit tot een systematische validatie van het onderliggende principe. Uit deze validatie met bijna 10.000 tumor weefsel monsters afkomstig uit 18 verschillende tumortypes bleek helaas dat de voorspellende waarde veel lager was dan eerder gerapporteerd. De resterende voorspellende waarde kon daarnaast tenietgedaan worden door de genexpressie profielen van de geneesmiddelen te corrigeren voor de downstream effecten van verlaagde celdeling. Deze resultaten bewijzen dat de huidige toepassing van deze methode niet specifiek is voor een kankersoort maar slechts algemeen toxische geneesmiddelen kan identificeren. We sluiten het proefschrift af met een uitgebreide discussie over de methode kan worden verbeterd.
PhD dissertations
Approximately one week after the defence, PhD dissertations by Leiden PhD students are available digitally through the Leiden Repository, that offers free access to these PhD dissertations. Please note that in some cases a dissertation may be under embargo temporarily and access to its full-text version will only be granted later.
Press enquiries (journalists only)
General information
Beadle's Office
pedel@bb.leidenuniv.nl
+31 71 527 7211