PhD defence
Intelligent Workflows for Automated Analysis of Mass Spectrometry- based Proteomics Data
- A.T. Güler
- Date
- Thursday 7 April 2022
- Time
- Location
-
Academy Building
Rapenburg 73
2311 GJ Leiden
Supervisor(s)
- Prof. M. Wuhrer
Summary:
Massaspectrometrie is een krachtige techniek voor proteomics omdat het de benodigde hoge gevoeligheid en snelheid levert voor de analyse van het complexe en dynamische proteoom. Echter, het gebruik van deze techniek levert massaspectrometrische data op die ook zeer complex is, waarvoor een geavanceerde meerstappen analyse nodig is. Het gebruik van wetenschappelijke workflows voor de analyse van massaspectrometrie data is niet geheel nieuw. Desalniettemin zijn vernieuwende aanpakken hard nodig in deze tijd van grote (en complexe) data teneinde de workflows autonoom en intelligent te maken door middel van metadata, en flexibel en adaptief door een modulair ontwerp.
De focus van dit proefschrift ligt op het creëren van intelligente workflows voor de analyse en het contextualiseren van massaspectrometrische proteomics data. De ontwikkelde workflows en tools kunnen eenvoudig worden aangepast voor additionele functionaliteiten en hergebruik in verschillende data analyse workflows. Het onderzoek beschreven in dit proefschrift beperkt zich niet tot de analyse van massaspectrometrie data, maar behandelt ook methoden voor literatuur onderzoek, welke cruciaal zijn voor het ontwerpen van experimenten, en de interpretatie en contextualiseren van de experimentele resultaten. Huidige en toekomstige proteomics data analyse wordt besproken waarbij inzicht wordt gegeven in wat noodzakelijk is voor het uitvoeren van geautomatiseerde analyses die gebruikmaken van beschikbare data uit publieke archieven met als doel bestaande kennis uit de literatuur te versnellen. De concepten en methoden die in dit proefschrift gepresenteerd worden zorgen ervoor dat deze tools hiertegen bestand zijn en bieden een sterke basis voor de toekomst van proteomics data analyse.
PhD dissertations
Approximately one week after the defence, PhD dissertations by Leiden PhD students are available digitally through the Leiden Repository, that offers free access to these PhD dissertations. Please note that in some cases a dissertation may be under embargo temporarily and access to its full-text version will only be granted later.
Press enquiries (journalists only)
General information
Beadle's Office
pedel@bb.leidenuniv.nl
+31 71 527 7211